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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gkd | ||||||
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タイトル | Structural insight into self-sacrifice mechanism of enediyne resistance | ||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN/DNA / START domain protein / TOXIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Micromonospora echinospora (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, Docking | ||||||
データ登録者 | Singh, S. / Thorson, J.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2006 タイトル: Structural insight into the self-sacrifice mechanism of enediyne resistance. 著者: Singh, S. / Hager, M.H. / Zhang, C. / Griffith, B.R. / Lee, M.S. / Hallenga, K. / Markley, J.L. / Thorson, J.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gkd.cif.gz | 83.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gkd.ent.gz | 61.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gkd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2gkd_validation.pdf.gz | 248.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2gkd_full_validation.pdf.gz | 248.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2gkd_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2gkd_validation.cif.gz | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/2gkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/2gkd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3397.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3308.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 17915.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KNF0 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: HSQC |
NMR実験の詳細 | Text: NMR chemical shift perturbation information was used for docking. |
-試料調製
詳細 | 内容: U-15N, CalC, 50mM phosphate buffer, 150 mM NaCL / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 150 mM NaCl / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 303 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics, Docking / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |