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- PDB-2gjx: Crystallographic structure of human beta-Hexosaminidase A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gjx
タイトルCrystallographic structure of human beta-Hexosaminidase A
要素(Beta-hexosaminidase ...) x 2
キーワードHYDROLASE / beta-hexosaminidase A / glycosidase / Tay-Sachs disease / GM2 ganglisode / Tim barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective HEXA causes GM2G1 / beta-N-acetylhexosaminidase complex / Defective HEXB causes GM2G2 / chondroitin sulfate catabolic process / Keratan sulfate degradation / dermatan sulfate catabolic process / penetration of zona pellucida / CS/DS degradation / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / Hyaluronan uptake and degradation ...Defective HEXA causes GM2G1 / beta-N-acetylhexosaminidase complex / Defective HEXB causes GM2G2 / chondroitin sulfate catabolic process / Keratan sulfate degradation / dermatan sulfate catabolic process / penetration of zona pellucida / CS/DS degradation / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / Hyaluronan uptake and degradation / glycosaminoglycan metabolic process / male courtship behavior / glycosaminoglycan biosynthetic process / cortical granule / neuromuscular process controlling posture / acetylglucosaminyltransferase activity / astrocyte cell migration / ganglioside catabolic process / sexual reproduction / hyaluronan catabolic process / maintenance of location in cell / beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylhexosaminidase activity / phospholipid biosynthetic process / : / lipid storage / oligosaccharide catabolic process / Glycosphingolipid catabolism / adult walking behavior / azurophil granule / oogenesis / lysosome organization / neuromuscular process controlling balance / single fertilization / myelination / lysosomal lumen / acrosomal vesicle / skeletal system development / locomotory behavior / sensory perception of sound / intracellular calcium ion homeostasis / neuron cellular homeostasis / azurophil granule lumen / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / lysosome / protein heterodimerization activity / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase, eukaryotic type, N-terminal / beta-acetyl hexosaminidase like / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Beta-hexosaminidase, eukaryotic type, N-terminal / beta-acetyl hexosaminidase like / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-hexosaminidase subunit alpha / Beta-hexosaminidase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lemieux, M.J. / Mark, B.L. / Cherney, M.M. / Withers, S.G. / Mahuran, D.J. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystallographic structure of human beta-Hexosaminidase A: Interpretation of Tay-Sachs Mutations and Loss of GM2 Ganglioside Hydrolysis
著者: Lemieux, M.J. / Mark, B.L. / Cherney, M.M. / Withers, S.G. / Mahuran, D.J. / James, M.N.G.
履歴
登録2006年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-hexosaminidase alpha chain
B: Beta-hexosaminidase beta chain
C: Beta-hexosaminidase beta chain
D: Beta-hexosaminidase alpha chain
E: Beta-hexosaminidase alpha chain
F: Beta-hexosaminidase beta chain
G: Beta-hexosaminidase beta chain
H: Beta-hexosaminidase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)472,99227
ポリマ－466,4068
非ポリマー6,58619
水2,666148
1
A: Beta-hexosaminidase alpha chain
B: Beta-hexosaminidase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,6787
ポリマ－116,6022
非ポリマー2,0775
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area38820 Å2
手法PISA
2
C: Beta-hexosaminidase beta chain
D: Beta-hexosaminidase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,3547
ポリマ－116,6022
非ポリマー1,7535
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area38450 Å2
手法PISA
3
E: Beta-hexosaminidase alpha chain
F: Beta-hexosaminidase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,6725
ポリマ－116,6022
非ポリマー1,0703
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area37900 Å2
手法PISA
4
G: Beta-hexosaminidase beta chain
H: Beta-hexosaminidase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,2888
ポリマ－116,6022
非ポリマー1,6876
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area38140 Å2
手法PISA
5
A: Beta-hexosaminidase alpha chain
B: Beta-hexosaminidase beta chain
C: Beta-hexosaminidase beta chain
D: Beta-hexosaminidase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,03314
ポリマ－233,2034
非ポリマー3,83010
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15800 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area71850 Å2
手法PISA
6
E: Beta-hexosaminidase alpha chain
F: Beta-hexosaminidase beta chain
G: Beta-hexosaminidase beta chain
H: Beta-hexosaminidase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,96013
ポリマ－233,2034
非ポリマー2,7579
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14910 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area70760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)321.091, 110.536, 129.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
Beta-hexosaminidase ... , 2種, 8分子 ADEHBCFG

#1: タンパク質
Beta-hexosaminidase alpha chain / N-acetyl- beta-glucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Hexosaminidase A


分子量: 58416.668 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: human placenta / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06865, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: タンパク質
Beta-hexosaminidase beta chain


分子量: 58184.879 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: human placenta / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07686, beta-N-acetylhexosaminidase

-
糖 , 3種, 15分子

#3: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 152分子

#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 13% pEG 8000, 0.1M NaAcetate, 0.2M thiocyanate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月1日
放射モノクロメーター: Double crystal Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. all: 111834 / Num. obs: 111512 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.75 / % possible all: 2.08

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.491 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.569
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å39.87 Å
Translation3 Å39.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
ADSCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→39.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 44.596 / SU ML: 0.416 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.402 / ESU R Free: 0.452 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28822 5525 5 %RANDOM
Rwork0.26867 ---
obs0.26965 105984 99.71 %-
all-111834 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20.01 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31556 0 428 148 32132
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02232966
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7951.96444936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.83253869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.08623.8581576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.372155202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.68615180
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.24877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0225252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.316017
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3250.522930
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.51588
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.390
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3420.512
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.438 401 -
Rwork0.413 7762 -
obs--99.35 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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