PDB-2gjv: Crystal Structure of a Protein of Unknown Function from Salmonell...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gjv

タイトル

Crystal Structure of a Protein of Unknown Function from Salmonella typhimurium

要素

putative cytoplasmic protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Phage tail protein-like / Gp37/putative cytoplasmic protein STM4215 / Gp37 protein / STM4215-like / Phage tail protein-like superfamily / 2-Layer Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / Putative cytoplasmic protein

機能・相同性情報

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Vorontsov, I.I. / Collart, F.R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a Hypothetical Protein from Salmonella typhimurium
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Vorontsov, I.I. / Collart, F.R. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2006年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gjv.cif.gz	185 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gjv.ent.gz	146.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gjv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2gjv_validation.pdf.gz	484.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gjv_full_validation.pdf.gz	489.8 KB	表示
XML形式データ	2gjv_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	2gjv_validation.cif.gz	53 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/2gjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/2gjv	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3fz2-1 6a2v-d 3fz2-2 6bdc-1 4ldm-1 3he1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC24160

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: putative cytoplasmic protein

B: putative cytoplasmic protein

C: putative cytoplasmic protein

D: putative cytoplasmic protein

E: putative cytoplasmic protein

F: putative cytoplasmic protein

ヘテロ分子

118 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: putative cytoplasmic protein

B: putative cytoplasmic protein

C: putative cytoplasmic protein

D: putative cytoplasmic protein

E: putative cytoplasmic protein

F: putative cytoplasmic protein

ヘテロ分子

A: putative cytoplasmic protein

B: putative cytoplasmic protein

C: putative cytoplasmic protein

D: putative cytoplasmic protein

E: putative cytoplasmic protein

F: putative cytoplasmic protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
237 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.137, 76.995, 85.112
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.25, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

Chain A,B,C,D,E, and F represent the biological assembly, which is hexamer

#1: タンパク質	putative cytoplasmic protein 分子量: 19639.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: NP_463080 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q8ZKJ0
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 0.2 M Calcium Chloride dihydrate, 0.25 Sodium Chloride, 0.01 M TRIS-HCL, 20%w/v PEG3350, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.00882 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月11日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00882 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→30 Å / Num. all: 30366 / Num. obs: 30366 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.39→2.49 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.116 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / Num. unique all: 3023 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.39→27.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 15.018 / SU ML: 0.193 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.125 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24883	1520	5 %	RANDOM
R_work	0.16788	-	-	-
obs	0.17194	28845	93.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.096 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.69 Å²	0 Å²	-0.09 Å²
2-	-	-0.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→27.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6348	0	14	609	6971

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	6450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.576	1.963	8784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.302	5	810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.781	24.49	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.527	15	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.505	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4830
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.3	2760
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.5	4403
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.5	835
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.105	0.5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.159	0.3	126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.269	0.5	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.057	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.728	1.5	4236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.151	2	6642
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.061	3	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.22	4.5	2142

LS精密化シェル

解像度: 2.39→2.454 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	112	-
R_work	0.178	1904	-
obs	-	-	85.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9204	-0.875	0.1396	3.9919	-1.6827	4.9978	0.2273	-0.4411	0.4297	-0.0892	-0.0831	0.1136	-0.3077	0.1172	-0.1442	-0.1088	-0.0078	-0.0034	-0.1636	-0.0892	-0.1269	51.9087	69.1119	23.707
2	8.9389	1.3599	-6.0234	1.2247	-1.4	7.359	0.0144	0.1683	0.0287	-0.1105	-0.0308	-0.0489	-0.0732	-0.0354	0.0163	-0.1415	-0.0024	-0.0258	-0.1503	0.0079	-0.1976	60.6495	62.6949	18.5841
3	3.6008	0.5248	-0.5998	1.2214	-0.7612	2.4815	-0.0064	0.0218	0.0226	-0.0796	0.0252	0.1009	0.0257	-0.1377	-0.0189	-0.1396	0.0042	0.0005	-0.1457	-0.038	-0.1656	50.5829	60.136	19.6369
4	4.0103	-1.6216	0.0551	4.733	-0.1852	1.2246	0.0186	-0.1449	0.1645	0.2134	0.1039	-0.2135	-0.0223	0.027	-0.1225	-0.1122	-0.016	-0.0227	-0.087	-0.0119	-0.0904	84.9523	67.2147	24.2316
5	5.2402	-3.5056	-5.5704	5.0488	4.7888	9.9687	-0.0803	-0.0889	-0.1696	-0.1264	0.041	0.1189	-0.0564	0.0633	0.0394	-0.1665	0.0012	-0.0291	-0.1567	0.0451	-0.1352	83.0163	56.0005	19.4354
6	3.0657	-0.8045	-1.2422	1.6576	0.5275	2.7433	-0.0488	-0.0017	0.0959	-0.0297	-0.0183	0.1157	-0.0216	-0.1023	0.0671	-0.1469	0.0148	-0.0257	-0.1277	0.017	-0.1402	76.2502	63.5989	19.9884
7	3.4642	0.6759	-1.1891	6.3053	1.0347	3.4936	0.0752	-0.091	-0.0724	0.4632	-0.0306	-0.3109	0.0898	-0.0414	-0.0446	-0.1226	0.0227	-0.0693	-0.098	0.0284	-0.1342	98.3861	39.8207	27.1975
8	6.3612	3.0596	2.9889	12.3349	8.7559	11.9357	-0.1793	0.6145	-0.1265	-1.016	0.0683	0.1954	-0.3068	-0.2626	0.1109	-0.0231	-0.0141	-0.0026	-0.1153	-0.0018	-0.1454	86.1407	26.8811	9.8179
9	1.8125	0.2064	-0.0968	3.0506	1.1664	2.5239	-0.0322	0.0803	0.1327	-0.0718	-0.0479	-0.0014	-0.1186	-0.0137	0.0801	-0.1254	0.0054	-0.0091	-0.1609	0.0354	-0.1599	92.5215	43.4275	20.1668
10	3.9911	0.745	0.9695	3.4384	0.932	3.8183	0.1924	-0.4273	-0.3376	0.1305	-0.1477	0.0686	0.0961	-0.0534	-0.0446	-0.1026	-0.0269	0.0279	-0.1111	0.0582	-0.1297	82.6387	13.1208	27.4451
11	20.4212	1.0394	13.1491	5.8099	0.1198	14.9731	-0.067	1.3306	-0.0909	-0.636	0.1845	0.2534	0.0115	0.2695	-0.1175	-0.1584	0.0057	0.0139	-0.0085	-0.0071	-0.134	65.3773	16.7097	9.8422
12	3.83	1.1066	1.1942	2.179	0.4419	2.731	-0.0505	0.0763	0.1254	-0.0092	-0.0896	0.1067	-0.1139	0.0869	0.1401	-0.1754	-0.0006	0.031	-0.1405	0.0295	-0.1576	82.912	19.6297	20.2396
13	5.4284	0.093	2.0409	3.8833	1.2375	4.6206	-0.2247	-0.6359	-0.2434	0.3372	0.3485	0.3642	0.035	-0.294	-0.1238	-0.1012	0.0024	0.073	-0.0411	0.0429	-0.0467	51.3776	12.6582	27.2706
14	9.4001	-4.1862	4.8837	8.9309	-5.9588	12.8446	0.2371	0.9257	0.163	-0.7507	-0.2853	0.2042	0.0192	0.2808	0.0482	-0.0735	0.0464	-0.0288	-0.0808	-0.0413	-0.0513	45.9208	29.925	9.4488
15	3.6847	-1.0553	1.8886	1.6367	-0.7246	3.3962	-0.0146	0.0204	-0.1448	0.0542	-0.0046	0.1175	0.0168	0.0643	0.0192	-0.1328	0.0074	0.0276	-0.1293	-0.0079	-0.1152	57.2671	15.8372	20.2308
16	4.0676	-0.2818	0.9285	6.3101	-1.4765	3.0295	0.1101	-0.2681	-0.2193	0.865	-0.1142	0.3809	-0.1183	0.0124	0.0041	-0.0098	-0.0083	0.0762	-0.1054	-0.0224	-0.0535	35.2767	39.5638	27.2093
17	4.1646	1.5023	-2.5039	7.4954	-4.8326	6.4934	-0.0129	0.3285	-0.0791	-0.7108	-0.1105	-0.1216	0.2994	0.2108	0.1234	-0.0453	-0.027	-0.026	-0.1358	0.0015	-0.1414	47.4004	51.9181	10.4148
18	1.5761	0.3962	-0.1461	5.33	-1.7747	2.8445	-0.0563	-0.029	-0.2585	0.0922	-0.1004	0.114	0.0739	0.0342	0.1567	-0.1224	-0.0008	0.0318	-0.1661	-0.0162	-0.0685	41.2756	35.9781	20.124

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-1 - 31	23 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	32 - 69	56 - 93
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	70 - 134	94 - 158
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	-1 - 30	23 - 54
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	31 - 69	55 - 93
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	70 - 134	94 - 158
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	-1 - 45	23 - 69
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	46 - 68	70 - 92
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	69 - 134	93 - 158
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	-1 - 45	23 - 69
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	D	46 - 68	70 - 92
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	69 - 134	93 - 158
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	E	-1 - 45	23 - 69
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	E	46 - 67	70 - 91
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	E	68 - 134	92 - 158
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	F	-1 - 44	23 - 68
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	F	45 - 68	69 - 92
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	F	69 - 134	93 - 158

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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