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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gil | ||||||
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タイトル | Structure of the extremely slow GTPase Rab6A in the GTP bound form at 1.8 resolution | ||||||
![]() | Ras-related protein Rab-6A | ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / protein-nucleotide complex / GTPase-fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptidyl-cysteine methylation / minus-end-directed organelle transport along microtubule / endosome to plasma membrane transport vesicle / protein localization to Golgi membrane / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / acrosomal membrane / protein localization to Golgi apparatus / Pre-NOTCH Processing in Golgi / intra-Golgi vesicle-mediated transport ...peptidyl-cysteine methylation / minus-end-directed organelle transport along microtubule / endosome to plasma membrane transport vesicle / protein localization to Golgi membrane / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / acrosomal membrane / protein localization to Golgi apparatus / Pre-NOTCH Processing in Golgi / intra-Golgi vesicle-mediated transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / retrograde transport, endosome to Golgi / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / TBC/RABGAPs / antigen processing and presentation / endomembrane system / secretory granule membrane / trans-Golgi network membrane / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / trans-Golgi network / neuron projection development / cytoplasmic vesicle / ciliary basal body / protein domain specific binding / Golgi membrane / GTPase activity / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bergbrede, T. / Pylypenko, O. / Rak, A. / Alexandrov, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the extremely slow GTPase Rab6A in the GTP bound form at 1.8 resolution 著者: Bergbrede, T. / Pylypenko, O. / Rak, A. / Alexandrov, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 127 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1d5cS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18619.230 Da / 分子数: 4 / 断片: Rab6aNd12Cd33 (residues 12-173) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-GTP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100mM TrisHCl, 1M LiCl, 32% (w/v) polyethylene glycol 1000, 3.3mM Nonyl-D-glucoside, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0398 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→19.05 Å / Num. all: 48538 / Num. obs: 48538 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 25.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 17.44 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 3482 / Rsym value: 0.146 / % possible all: 52.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1D5C 解像度: 1.82→19.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 3.892 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.728 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→19.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20
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