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- PDB-2gil: Structure of the extremely slow GTPase Rab6A in the GTP bound for... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gil
タイトルStructure of the extremely slow GTPase Rab6A in the GTP bound form at 1.8 resolution
要素Ras-related protein Rab-6A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / protein-nucleotide complex / GTPase-fold
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-cysteine methylation / minus-end-directed organelle transport along microtubule / endosome to plasma membrane transport vesicle / protein localization to Golgi membrane / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / acrosomal membrane / protein localization to Golgi apparatus / Pre-NOTCH Processing in Golgi / myosin V binding ...peptidyl-cysteine methylation / minus-end-directed organelle transport along microtubule / endosome to plasma membrane transport vesicle / protein localization to Golgi membrane / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / acrosomal membrane / protein localization to Golgi apparatus / Pre-NOTCH Processing in Golgi / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / TBC/RABGAPs / retrograde transport, endosome to Golgi / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / antigen processing and presentation / endomembrane system / secretory granule membrane / trans-Golgi network membrane / small monomeric GTPase / trans-Golgi network / intracellular protein transport / neuron projection development / G protein activity / cytoplasmic vesicle / ciliary basal body / Golgi membrane / protein domain specific binding / GTPase activity / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...: / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-6A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Bergbrede, T. / Pylypenko, O. / Rak, A. / Alexandrov, K.
引用ジャーナル: J.STRUCT.BIOL. / 年: 2005
タイトル: Structure of the extremely slow GTPase Rab6A in the GTP bound form at 1.8 resolution
著者: Bergbrede, T. / Pylypenko, O. / Rak, A. / Alexandrov, A.
履歴
登録2006年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-6A
B: Ras-related protein Rab-6A
C: Ras-related protein Rab-6A
D: Ras-related protein Rab-6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,66712
ポリマ－74,4774
非ポリマー2,1908
水13,313739
1
A: Ras-related protein Rab-6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1673
ポリマ－18,6191
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras-related protein Rab-6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1673
ポリマ－18,6191
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ras-related protein Rab-6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1673
ポリマ－18,6191
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ras-related protein Rab-6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1673
ポリマ－18,6191
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.008, 124.853, 66.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Ras-related protein Rab-6A / Rab-6


分子量: 18619.230 Da / 分子数: 4 / 断片: Rab6aNd12Cd33 (residues 12-173) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20340
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 739 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM TrisHCl, 1M LiCl, 32% (w/v) polyethylene glycol 1000, 3.3mM Nonyl-D-glucoside, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.0398 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0398 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→19.05 Å / Num. all: 48538 / Num. obs: 48538 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 25.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 17.44
反射 シェル解像度: 1.82→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 3482 / Rsym value: 0.146 / % possible all: 52.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ProDCデータ収集
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1D5C

1d5c


解像度: 1.82→19.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 3.892 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27735 2428 5 %RANDOM
Rwork0.20484 ---
all0.20849 46121 --
obs0.20849 46121 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.728 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→19.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5194 0 132 739 6065
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225413
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.41.9817336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7995642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.99723.636253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.83115979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4781547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023955
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.22800
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.23709
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2605
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0810.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8141.53310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34325196
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.89432444
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8354.52140
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 79 -
Rwork0.211 1492 -
obs--52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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