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- PDB-2ght: CTD-specific phosphatase Scp1 in complex with peptide from C-term... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ght
タイトルCTD-specific phosphatase Scp1 in complex with peptide from C-terminal domain of RNA polymerase II
要素
  • Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1
  • DNA-directed RNA polymerase II largest subunit
キーワードHYDROLASE / protein-peptide complex / HAD superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / microfibril binding / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / MicroRNA (miRNA) biogenesis / FGFR2 alternative splicing / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / myosin phosphatase activity / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection ...RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / microfibril binding / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / MicroRNA (miRNA) biogenesis / FGFR2 alternative splicing / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / myosin phosphatase activity / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / protein-serine/threonine phosphatase / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Splicing - Minor Pathway / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II activity / negative regulation of neuron differentiation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II, core complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Inhibition of DNA recombination at telomere / protein dephosphorylation / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / negative regulation of protein phosphorylation / promoter-specific chromatin binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / DNA-templated transcription termination / Transcriptional regulation by small RNAs / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / kinase binding / negative regulation of neurogenesis / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / chromosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Dullard phosphatase domain, eukaryotic / CTD small RNA polymerase II polypeptide A phosphatase-like / FCP1 homology domain / NLI interacting factor-like phosphatase / FCP1 homology domain profile. / catalytic domain of ctd-like phosphatases / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 ...: / Dullard phosphatase domain, eukaryotic / CTD small RNA polymerase II polypeptide A phosphatase-like / FCP1 homology domain / NLI interacting factor-like phosphatase / FCP1 homology domain profile. / catalytic domain of ctd-like phosphatases / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhang, Y. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Determinants for dephosphorylation of the RNA polymerase II C-terminal domain by Scp1.
著者: Zhang, Y. / Kim, Y. / Genoud, N. / Gao, J. / Kelly, J.W. / Pfaff, S.L. / Gill, G.N. / Dixon, J.E. / Noel, J.P.
履歴
登録2006年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1
B: Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1
C: DNA-directed RNA polymerase II largest subunit
D: DNA-directed RNA polymerase II largest subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6126
ポリマ－43,5634
非ポリマー492
水4,414245
1
A: Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1
C: DNA-directed RNA polymerase II largest subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8063
ポリマ－21,7822
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9160 Å2
手法PISA
2
B: Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1
D: DNA-directed RNA polymerase II largest subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8063
ポリマ－21,7822
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.916, 78.787, 62.948
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 1 / Nuclear LIM interactor-interacting factor 3 / NLI-interacting factor 3 / NLI-IF


分子量: 20876.754 Da / 分子数: 2 / 変異: D96N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTDSP1 / プラスミド: pet28 derivative / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9GZU7, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase II largest subunit / RPB1


分子量: 904.813 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24928, DNA-directed RNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: (1) 0.5M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 100mM HEPES 7.5 (2) 2M sodium tartrate, 100mM Tris pH 8.5, pH 7.5 - 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月3日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39.2 Å / Num. obs: 50244 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 7853 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 77.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GHQ

2ghq


解像度: 1.8→39.2 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 2513 -random
Rwork0.216 ---
all0.243 52830 --
obs0.242 50243 95.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 0.105 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.344 Å20 Å2-5.27 Å2
2---4.047 Å20 Å2
3---0.704 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3027 0 2 245 3274
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0108
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.018
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 397 -
Rwork0.327 --
obs-7938 90.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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