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- PDB-2ghg: h-CHK1 complexed with A431994 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ghg
タイトルh-CHK1 complexed with A431994
要素Serine/threonine-protein kinase Chk1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Protein-Inhibitor Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of mitotic nuclear division / mitotic G2/M transition checkpoint / regulation of mitotic centrosome separation / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of gene expression, epigenetic ...negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of mitotic nuclear division / mitotic G2/M transition checkpoint / regulation of mitotic centrosome separation / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of gene expression, epigenetic / nucleus organization / cellular response to caffeine / Transcriptional Regulation by E2F6 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / ヘイフリック限界 / signal transduction in response to DNA damage / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / positive regulation of cell cycle / Activation of ATR in response to replication stress / regulation of signal transduction by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / DNA複製 / condensed nuclear chromosome / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / peptidyl-threonine phosphorylation / G2/M DNA damage checkpoint / Signaling by SCF-KIT / cellular response to mechanical stimulus / G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cell population proliferation / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA複製 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / クロマチンリモデリング / protein domain specific binding / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / DNA修復 / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / apoptotic process / DNA damage response / クロマチン / protein-containing complex / extracellular space / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A53 / Serine/threonine-protein kinase Chk1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Park, C.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006
タイトル: Discovery and SAR of oxindole-pyridine-based protein kinase B/Akt inhibitors for treating cancers.
著者: Zhu, G.D. / Gandhi, V.B. / Gong, J. / Luo, Y. / Liu, X. / Shi, Y. / Guan, R. / Magnone, S.R. / Klinghofer, V. / Johnson, E.F. / Bouska, J. / Shoemaker, A. / Oleksijew, A. / Jarvis, K. / Park, ...著者: Zhu, G.D. / Gandhi, V.B. / Gong, J. / Luo, Y. / Liu, X. / Shi, Y. / Guan, R. / Magnone, S.R. / Klinghofer, V. / Johnson, E.F. / Bouska, J. / Shoemaker, A. / Oleksijew, A. / Jarvis, K. / Park, C. / De Jong, R. / Oltersdorf, T. / Li, Q. / Rosenberg, S.H. / Giranda, V.L.
履歴
登録2006年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase Chk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5442
ポリマ－31,0691
非ポリマー4761
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.162, 66.087, 58.492
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase Chk1


分子量: 31068.742 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 2-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14757, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物 ChemComp-A53 / 5-{5-[(S)-2-AMINO-3-(1H-INDOL-3-YL)-PROPOXYL]-PYRIDIN-3-YL}-3-[1-(1H-PYRROL-2-YL)-METH-(Z)-YLIDENE]-1,3-DIHYDRO-INDOL-2-ONE


分子量: 475.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H25N5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, Isopropanol, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Osmic Si mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. all: 4376 / Num. obs: 3816 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: -16.8 Å2 / Rsym value: 0.176 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 413 / Rsym value: 0.326 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2002精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
CNX2002位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→16.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 277979.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.314 356 10.4 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.24 3412 78.4 %-
all-4376 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.6343 Å2 / ksol: 0.275249 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å20 Å22.54 Å2
2--1.28 Å20 Å2
3----0.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.36 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→16.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2185 0 36 89 2310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.052.5
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.058 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 33 10.9 %
Rwork0.292 270 -
obs--71.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4a43.para43.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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