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万見
- PDB-2ggz: Crystal Structure of Human Guanylate Cyclase Activating Protein-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ggz
タイトルCrystal Structure of Human Guanylate Cyclase Activating Protein-3
要素Guanylyl cyclase-activating protein 3
キーワードLYASE ACTIVATOR / EF hand / Guanylate Cyclase Activating Protein / GCAP / GCAP3 / GCAP-3
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / regulation of opsin-mediated signaling pathway / visual perception / photoreceptor disc membrane / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / calcium ion binding / signal transduction
類似検索 - 分子機能
Guanylyl cyclase-activating protein 3 / Recoverin family / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...Guanylyl cyclase-activating protein 3 / Recoverin family / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanylyl cyclase-activating protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Stephen, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of GCAP3 Suggests Molecular Mechanism of GCAP-linked Cone Dystrophies.
著者: Stephen, R. / Palczewski, K. / Sousa, M.C.
履歴
登録2006年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanylyl cyclase-activating protein 3
B: Guanylyl cyclase-activating protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3278
ポリマ－48,0872
非ポリマー2406
水00
1
A: Guanylyl cyclase-activating protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1644
ポリマ－24,0431
非ポリマー1203
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Guanylyl cyclase-activating protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1644
ポリマ－24,0431
非ポリマー1203
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.190, 88.190, 71.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Guanylyl cyclase-activating protein 3 / GCAP 3 / Guanylate cyclase activator 1C


分子量: 24043.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pMS261 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O95843
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.9157.77
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2891蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.50.1 M MES, 5% PEG 6000, 5% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
2892蒸気拡散法, ハンギングドロップ法70.1 M HEPES, 5% PEG 6000, 5% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.311
シンクロトロンALS 8.2.120.97954, 0.97969, 0.96430
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2004年7月1日
ADSC QUANTUM 2102CCD2004年12月20日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979541
30.979691
40.96431
反射解像度: 3→25 Å / Num. all: 11042 / Num. obs: 10427 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→23.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 935376.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 547 5.2 %RANDOM
Rwork0.256 ---
obs0.256 10425 94.5 %-
all-11032 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.9432 Å2 / ksol: 0.320635 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 68.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.35 Å20 Å20 Å2
2--12.35 Å20 Å2
3----24.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.62 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→23.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2608 0 6 0 2614
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.912.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.051 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.498 96 5.5 %
Rwork0.396 1657 -
obs--96.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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