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- PDB-2gfx: Structure of E. coli FabF(C163Q) in complex with Platensimycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gfx
タイトルStructure of E. coli FabF(C163Q) in complex with Platensimycin
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
キーワードTRANSFERASE / FabF / KASII / ketoacyl synthase / platensimycin
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid elongation, saturated fatty acid / monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / response to cold / fatty acid biosynthetic process / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal ...3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PLATENSIMYCIN / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Soisson, S.M. / Parthasarathy, G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Platensimycin is a selective FabF inhibitor with potent antibiotic properties.
著者: Wang, J. / Soisson, S.M. / Young, K. / Shoop, W. / Kodali, S. / Galgoci, A. / Painter, R. / Parthasarathy, G. / Tang, Y.S. / Cummings, R. / Ha, S. / Dorso, K. / Motyl, M. / Jayasuriya, H. / ...著者: Wang, J. / Soisson, S.M. / Young, K. / Shoop, W. / Kodali, S. / Galgoci, A. / Painter, R. / Parthasarathy, G. / Tang, Y.S. / Cummings, R. / Ha, S. / Dorso, K. / Motyl, M. / Jayasuriya, H. / Ondeyka, J. / Herath, K. / Zhang, C. / Hernandez, L. / Allocco, J. / Basilio, A. / Tormo, J.R. / Genilloud, O. / Vicente, F. / Pelaez, F. / Colwell, L. / Lee, S.H. / Michael, B. / Felcetto, T. / Gill, C. / Silver, L.L. / Hermes, J.D. / Bartizal, K. / Barrett, J. / Schmatz, D. / Becker, J.W. / Cully, D. / Singh, S.B.
履歴
登録2006年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02021年10月20日Group: Atomic model / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年2月14日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_symm_contact

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1042
ポリマ－44,6621
非ポリマー4411
水1,982110
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2084
ポリマ－89,3252
非ポリマー8832
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area7400 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area25200 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.727, 75.727, 147.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1008-

HOH

詳細The biological unit is a dimer. The second molecule of the dimer can be generated by the crystallographic symmetry operation

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / E.C.2.3.1.41 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / Beta-ketoacyl-ACP synthase II / KAS II / FabF


分子量: 44662.289 Da / 分子数: 1 / 変異: C163Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fabF, fabJ / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AAI5, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物 ChemComp-PMN / PLATENSIMYCIN / (-)-プラテンシマイシン


分子量: 441.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27NO7 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 19-24% PEG 8000, 0.1M Tris, 10mM BME, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→65.94 Å / Num. all: 15670 / Num. obs: 15670 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 70.09 Å2 / Rsym value: 0.074
反射 シェル解像度: 2.59→2.69 Å / Rsym value: 0.533

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
BUSTER-TNT1.1.0精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→65.94 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2553 780 5.02 %RANDOM
Rwork0.1942 ---
obs0.1971 15527 98.04 %-
all-15527 --
原子変位パラメータBiso mean: 52.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.16372493 Å20 Å20 Å2
2---5.16372493 Å20 Å2
3---10.32744985 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→65.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3008 0 32 110 3150
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01130962
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.29741822
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d23.9426150
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.009772
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0164805
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.878308920
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.073675
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.75 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4483 124 5.35 %
Rwork0.2838 2195 -
all29.2 2319 -
obs--98.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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