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- PDB-2gfg: Crystal structure of a putative adenylate cyclase (bh2851) from b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gfg
タイトルCrystal structure of a putative adenylate cyclase (bh2851) from bacillus halodurans at 2.12 A resolution
要素BH2851
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Antiparallel barrel / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Uncharacterised protein family YjbK / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / CYTH / CYTH domain / CYTH domain / CYTH domain profile. / CYTH-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / BH2851 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the protein BH2851 (10175472) from Bacillus halodurans at 2.12 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BH2851
B: BH2851
C: BH2851
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,82726
ポリマ－66,7043
非ポリマー1,12223
水4,666259
1
A: BH2851
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5197
ポリマ－22,2351
非ポリマー2846
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BH2851
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,79012
ポリマ－22,2351
非ポリマー55511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: BH2851
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5197
ポリマ－22,2351
非ポリマー2846
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.030, 74.690, 188.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: GLY / End label comp-ID: PHE / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 2 - 186 / Label seq-ID: 3 - 187

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 BH2851


分子量: 22234.812 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
遺伝子: 10175472 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K901

-
非ポリマー , 5種, 282分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 4
詳細: 18.0% PEG-6000, 0.5M LiCl, 0.1M Citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9797, 1.0000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月16日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97971
211
反射解像度: 2.12→29.24 Å / Num. obs: 34799 / % possible obs: 93.1 % / Biso Wilson estimate: 41.346 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 9.24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.12-2.20.2822.26176486669
2.2-2.280.2592.66986502783.2
2.28-2.390.2283.411215650992.2
2.39-2.510.1914.211623606996
2.51-2.670.1465.312711664197.5
2.67-2.880.1066.912801665997.9
2.88-3.160.0699.712010631798.7
3.16-3.620.04214.412752669399
3.620.03217.912445657699.2

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
XDSデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.12→29.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 13.896 / SU ML: 0.194 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.228
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. RESIDUES 191-192 IN CHAIN A, 189-192 IN CHAIN B, AND 188-192 IN CHAIN C ARE DISORDERED AND NOT INCLUDED IN THE MODEL. 4. RESIDUE GLYCINE OF THE TEV TAG IS MODELED IN CHAIN A. 5. ONE NA AND THREE CL IONS ARE MODELED. 6. SEVERAL ETHYLENE GLYCOL MOLECULES FROM CRYO SOLUTION ARE MODELED. 7. AN UNKNOWN LIGAND, DESIGNATED AS UNL IN THE COORDINATES HAS BEEN MODELED IN THE ACTIVE SITE ON EACH MONOMER. THE POSITION OF THE ACTIVE SITE IS SIMILAR TO THAT IN THE STRUCTURAL HOMOLOG 1YEM.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1752 5 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.227 34797 97.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.217 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2--0.65 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→29.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4479 0 83 259 4821
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224638
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7821.9696210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6339873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0135569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.96124.692211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.92115857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1021522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025051
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02907
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1590.2773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1490.24151
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1550.22122
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0750.22348
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0920.2221
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.110.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.10.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1070.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.86722823
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.13721154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66744561
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.38851827
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.761646
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2715 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL0.915
2BLOOSE POSITIONAL0.685
3CLOOSE POSITIONAL0.835
1ALOOSE THERMAL2.2210
2BLOOSE THERMAL2.610
3CLOOSE THERMAL2.8310
LS精密化 シェル解像度: 2.116→2.171 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 91 -
Rwork0.261 1989 -
obs-2080 80.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4585-0.0732-0.7170.9378-0.61833.21590.1064-0.10150.05690.191-0.0893-0.0835-0.02490.0267-0.0172-0.0793-0.0361-0.0476-0.1651-0.0223-0.046553.939653.893269.1527
20.93830.66020.17122.8863-0.62531.08410.0297-0.034-0.01180.01730.03360.0772-0.0218-0.0278-0.0633-0.11650.01330.0228-0.0789-0.0186-0.078831.093128.336100.8583
32.7560.9271.43091.21670.57462.73950.1841-0.4991-0.07360.1744-0.13930.01910.1425-0.162-0.0448-0.1187-0.04630.0268-0.0322-0.0372-0.059131.850443.006148.5682
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA0 - 1901 - 191
22BB1 - 1882 - 189
33CC1 - 1872 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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