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- PDB-2gff: Crystal Structure of Yersinia pestis LsrG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gff
タイトルCrystal Structure of Yersinia pestis LsrG
要素LsrG Protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / dimeric alpha+beta barrel Ferredoxin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


(4S)-4-hydroxy-5-phosphonooxypentane-2,3-dione isomerase activity / (4S)-4-hydroxy-5-phosphooxypentane-2,3-dione isomerase / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
(4S)-4-hydroxy-5-phosphonooxypentane-2,3-dione isomerase / : / ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (4S)-4-hydroxy-5-phosphonooxypentane-2,3-dione isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者de Carvalho-Kavanagh, M. / Schafer, J. / Lekin, T. / Toppani, D. / Chain, P. / Lao, V. / Motin, V. / Garcia, E. / Segelke, B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of lsrG from Yersinia Pestis
著者: de Carvalho-Kavanagh, M. / Schafer, J. / Lekin, T. / Toppani, D. / Coleman, M. / Chain, P. / Lao, V. / Zemla, A. / Motin, V. / Garcia, E. / Segelke, B.
履歴
登録2006年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LsrG Protein
B: LsrG Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9753
ポリマ－24,9402
非ポリマー351
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area10080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.174, 56.174, 119.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-300-

CL

詳細Putative dimer unconfirmed related by NCS

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要素

#1: タンパク質 LsrG Protein


分子量: 12469.794 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: D27 / 遺伝子: lsrG / プラスミド: pETBlue-2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 21960758, UniProt: Q7CG46*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 6K, 100 mM MES, 0.17 M ammonium sulfate 100 microliter reservoir, 800 nanoliter drop,intelliplate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97910, 0.97951, 0.97444
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月10日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen cooled dual crystal silicon
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.979511
30.974441
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 20024 / Num. obs: 20024 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1949 / Rsym value: 0.68 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25829 1016 5.1 %RANDOM
Rwork0.19728 ---
all0.20022 19884 --
obs0.20022 18868 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.581 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.144 Å0.14 Å
Luzzati d res low-20 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1593 0 1 236 1830
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0221629
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7141.9562207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4975195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.98323.41879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.71915283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8421512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21126
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2330.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2341.5983
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0521602
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5733646
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9434.5605
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.75-1.7950.315820.2481329142798.88
1.795-1.8440.281630.2231398100
1.844-1.8970.281620.2011362100
1.897-1.9550.31750.2011318100
1.955-2.0180.256620.191130699.9
2.018-2.0880.264650.1971251100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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