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- PDB-2gf4: Crystal structure of Vng1086c from Halobacterium salinarium (Halo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gf4
タイトルCrystal structure of Vng1086c from Halobacterium salinarium (Halobacterium halobium). Northeast Structural Genomics Target HsR14
要素Protein Vng1086c
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Hsr14 / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


Uncharacterised protein family UPF0058 / Uncharacterised protein family UPF0058 / Uncharacterised UPF0058 superfamily / Uncharacterised protein family UPF0058 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / UPF0058 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium sp. (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Benach, J. / Zhou, W. / Jayaraman, S. / Forouhar, F.F. / Janjua, H. / Xiao, R. / Ma, L.-C. / Cunningham, K. / Wang, D. / Acton, T.B. ...Benach, J. / Zhou, W. / Jayaraman, S. / Forouhar, F.F. / Janjua, H. / Xiao, R. / Ma, L.-C. / Cunningham, K. / Wang, D. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Vng1086c from Halobacterium salinarium (Halobacterium halobium). Northeast Structural Genomics Target HsR14
著者: Benach, J. / Zhou, W. / Jayaraman, S. / Forouhar, F.F. / Janjua, H. / Xiao, R. / Ma, L.-C. / Cunningham, K. / Wang, D. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2006年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Vng1086c
B: Protein Vng1086c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5096
ポリマ－23,3102
非ポリマー1984
水2,702150
1
A: Protein Vng1086c
B: Protein Vng1086c
ヘテロ分子

A: Protein Vng1086c
B: Protein Vng1086c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,01712
ポリマ－46,6214
非ポリマー3968
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area8670 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area15790 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.669, 64.914, 123.945
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: x, -y, -z

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要素

#1: タンパク質 Protein Vng1086c


分子量: 11655.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium sp. (好塩性) / 生物種: Halobacterium salinarum / 株: NRC-1 / 遺伝子: VNG1086C / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL10 / 参照: UniProt: Q9HQM9
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: under oil / pH: 5
詳細: 0.55M Calcium acetate 0.1 M Sodium acetate; 1ul+1ul used 25% ethylene glycol as cryoprotectant (1.5ul mother liquor + 0.5ul 100% EG), pH 5.0, Under oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97877 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月28日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97877 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.3 % / Av σ(I) over netI: 9.2 / 数: 159459 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.03 / D res high: 2 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 29978 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancy
22.07299298.80.4511.0274.3
4.320298499.10.0730.9975.9
3.424.3299999.90.0730.9816
2.993.42302599.90.0851.0425.9
2.712.99297799.90.1141.0525.6
2.522.71300899.90.1361.0445.4
2.372.5229961000.1771.0525.3
2.252.3730211000.2221.0425.2
2.152.25297799.90.3041.0655
2.072.15299999.70.3921.0644.7
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 29978 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Num. unique obs: 2992 / Χ2: 1.027 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se19.1920.6830.4930.0131.027
2Se23.1960.6480.0130.0141.05
3Se20.8970.2550.0330.0750.882
4Se30.0860.0770.4670.0751.184
5Se23.8980.1990.0730.0940.696
6Se41.9440.1340.4260.0940.835
Phasing dmFOM : 0.59 / FOM acentric: 0.59 / FOM centric: 0.6 / 反射: 13220 / Reflection acentric: 11878 / Reflection centric: 1342
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.9-19.9940.840.860.77650479171
3.7-5.90.830.850.7319431645298
3-3.70.770.780.6823822115267
2.6-30.650.660.5322922081211
2.2-2.60.480.480.4638283550278
2.1-2.20.260.260.2921252008117

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
ADSCデータ収集
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.07→20 Å / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 2213 8.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 22937 83.9 %-
all-22937 --
溶媒の処理Bsol: 54.36 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.97 Å20 Å20 Å2
2---10.856 Å20 Å2
3---7.886 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1295 0 10 150 1455
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 44

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.07-2.090.371430.286326369
2.09-2.10.225320.226314346
2.1-2.120.208500.25383433
2.12-2.140.326350.276360395
2.14-2.150.285350.282369404
2.15-2.170.275480.261374422
2.17-2.190.198480.253348396
2.19-2.210.297440.251393437
2.21-2.230.252370.288371408
2.23-2.260.245540.254430484
2.26-2.280.265420.247413455
2.28-2.30.211550.222427482
2.3-2.330.392260.231446472
2.33-2.350.202380.239424462
2.35-2.380.223430.207472515
2.38-2.410.3460.226462508
2.41-2.440.296490.241419468
2.44-2.470.178390.25443482
2.47-2.50.311410.277499540
2.5-2.530.291540.22480534
2.53-2.570.27440.232487531
2.57-2.610.343450.243462507
2.61-2.650.216550.262464519
2.65-2.690.237620.238522584
2.69-2.740.259660.254475541
2.74-2.790.223510.231485536
2.79-2.840.217800.217473553
2.84-2.90.231560.231540596
2.9-2.960.245400.251498538
2.96-3.030.237860.22498584
3.03-3.110.262630.213545608
3.11-3.190.304440.218526570
3.19-3.280.265430.192563606
3.28-3.390.248350.221571606
3.39-3.510.192600.219526586
3.51-3.650.233600.214566626
3.65-3.810.252550.2540595
3.81-4.010.236540.207560614
4.01-4.260.146530.183554607
4.26-4.590.234620.209546608
4.59-5.040.234480.206545593
5.04-5.760.217490.235549598
5.76-7.20.193750.247549624
7.2-200.243680.257527595
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAR
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4ACT_XPLOR_PAR.TXT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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