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万見
- PDB-2gf2: Crystal structure of human hydroxyisobutyrate dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gf2
タイトルCrystal structure of human hydroxyisobutyrate dehydrogenase
要素3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase activity / L-valine catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / NAD binding / NADP binding / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related, conserved site / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase signature. / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like, NAD-binding domain / NAD-binding of NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 ...3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related, conserved site / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase signature. / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like, NAD-binding domain / NAD-binding of NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Papagrigoriou, E. / Salah, E. / Turnbull, A.P. / Smee, C. / Burgess, N. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Gorrec, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. ...Papagrigoriou, E. / Salah, E. / Turnbull, A.P. / Smee, C. / Burgess, N. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Gorrec, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human hydroxyisobutyrate dehydrogenase
著者: Papagrigoriou, E. / Salah, E. / Turnbull, A.P. / Smee, C. / Burgess, N. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Gorrec, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. / Oppermann, U.
履歴
登録2006年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
B: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
C: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
D: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,6444
ポリマ－124,6444
非ポリマー00
水4,918273
1
A: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
D: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3222
ポリマ－62,3222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area22940 Å2
手法PISA
2
B: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
C: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3222
ポリマ－62,3222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area22090 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13620 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area41090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.053, 122.745, 200.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETILEILE1AA40 - 1001 - 61
21METMETILEILE1BB40 - 1001 - 61
31PROPROILEILE1CC41 - 1002 - 61
41METMETILEILE1DD40 - 1001 - 61
12THRTHRASPASP2AA101 - 29162 - 252
22THRTHRASPASP2BB101 - 29162 - 252
32THRTHRASPASP2CC101 - 29162 - 252
42THRTHRASPASP2DD101 - 29162 - 252

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細each biological unit compises two molecules forming a dimer. There are two biological units in the asymmetric unit; A-D and B-C

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要素

#1: タンパク質
3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / HIBADH


分子量: 31160.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIBADH / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: P31937, 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.20M LiCl, 0.1M HEPES, 20.0% PEG 6K, 10.0% Ethylen Glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9764 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→48.56 Å / Num. all: 50654 / Num. obs: 50370 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.14
反射 シェル解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.526 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.38→48.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 15.021 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.416 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24677 2625 5.2 %RANDOM
Rwork0.20517 ---
all0.2073 50370 --
obs0.2073 47673 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.718 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.64 Å20 Å20 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3---2.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→48.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8491 0 0 283 8774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0228627
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1311.98111653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.30751174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.98725.502289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.458151466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.621523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.24304
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.25997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1150.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2550.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4891.55949
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71529198
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.12833011
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8234.52453
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A427tight positional0.020.05
12B427tight positional0.020.05
13C427tight positional0.010.05
14D427tight positional0.010.05
21A763tight positional0.070.05
22B763tight positional0.050.05
23C763tight positional0.040.05
24D763tight positional0.050.05
21A558medium positional0.470.5
22B558medium positional0.470.5
23C558medium positional0.430.5
24D558medium positional0.490.5
11A427tight thermal3.3610
12B427tight thermal3.1510
13C427tight thermal3.0610
14D427tight thermal2.8310
21A763tight thermal2.9110
22B763tight thermal3.2710
23C763tight thermal2.5510
24D763tight thermal2.9810
21A558medium thermal2.9210
22B558medium thermal3.0910
23C558medium thermal2.5210
24D558medium thermal2.9210
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.442 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 175 -
Rwork0.244 3384 -
obs--97.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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