PDB-2gex: Crystal structure of SnoaL2 a putative hydroxylase from Streptomy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gex

タイトル

Crystal structure of SnoaL2 a putative hydroxylase from Streptomyces nogalater

要素

SnoL

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha+beta barrel

機能・相同性

polyketide metabolic process / SnoaL-like polyketide cyclase / Polyketide cyclase SnoaL-like / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / SnoL

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces nogalater (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Beinker, P. / Lohkamp, B. / Schneider, G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of SnoaL2 and AclR: two putative hydroxylases in the biosynthesis of aromatic polyketide antibiotics
著者: Beinker, P. / Lohkamp, B. / Peltonen, T. / Niemi, J. / Mantsala, P. / Schneider, G.

履歴

登録	2006年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gex.cif.gz	68 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gex.ent.gz	51.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gex.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/2gex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/2gex	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2geyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5e9q-2 2fiy-2 4lyl-2 3gn6-4 1hjs-3 3gn6-1 3p97-2 4r05-2 6f8o-d 2xio-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SnoL

B: SnoL

35.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.008, 90.008, 116.707
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	SnoL / SnoaL2 / putative hydroxylase 分子量: 17530.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces nogalater (バクテリア) 遺伝子: snoal2 / プラスミド: pET30b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RN64
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 18-20% PEG 8000, 0.2M magnesium sulphate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.9790, 0.9788, 0.9823

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月20日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.9788	1
3	0.9823	1

反射

解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 18909 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 64.4 Å² / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 26.1

反射シェル

解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2417 / R_sym value: 0.605 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→38.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 15.55 / SU ML: 0.166 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24892	964	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21794	-	-	-
all	0.21942	18058	-	-
obs	0.21942	18058	98.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0.14 Å²	0 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2212	0	0	31	2243

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2302
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.448	1.926	3142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.218	5	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.69	22.586	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.694	15	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.786	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	923
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.067	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.197	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.993	1.5	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.262	2	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.12	3	990
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.32	4.5	856

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	69	-
R_work	0.336	1111	-
obs	-	-	84.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2586	-1.291	0.4003	2.0511	-1.1415	3.473	0.0838	-0.2079	-0.0134	0.1795	0.0935	-0.1625	-0.0922	0.0361	-0.1773	-0.1404	-0.0157	-0.0137	-0.015	-0.0677	-0.0953	36.4156	30.3661	14.4642
2	2.9045	1.1738	0.6384	1.78	0.1218	1.9405	-0.0226	0.6314	-0.2796	-0.3189	0.1336	-0.0594	0.2231	0.1725	-0.111	-0.0706	0.0771	-0.0504	0.0524	-0.0966	-0.0676	56.4633	23.2093	21.5184

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 147	2 - 147
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 134	2 - 134

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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