[日本語] English
万見
- PDB-2ger: Crystal Structure and Oxidative Mechanism of Human Pyrroline-5-ca... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ger
タイトルCrystal Structure and Oxidative Mechanism of Human Pyrroline-5-carboxylate Reductase
要素Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Oxidative Mechanism of Human Pyrroline-5-carboxylate
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / : / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
ProC C-terminal domain-like / ProC C-terminal domain-like fold / : / Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase signature. / Pyrroline-5-carboxylate reductase / Pyrroline-5-carboxylate reductase, dimerisation domain / Pyrroline-5-carboxylate reductase dimerisation / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily ...ProC C-terminal domain-like / ProC C-terminal domain-like fold / : / Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase signature. / Pyrroline-5-carboxylate reductase / Pyrroline-5-carboxylate reductase, dimerisation domain / Pyrroline-5-carboxylate reductase dimerisation / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Meng, Z. / Lou, Z. / Liu, Z. / Rao, Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of human pyrroline-5-carboxylate reductase
著者: Meng, Z. / Lou, Z. / Liu, Z. / Li, M. / Zhao, X. / Bartlam, M. / Rao, Z.
履歴
登録2006年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,1545
ポリマ－168,1545
非ポリマー00
水10,755597
1
A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6311
ポリマ－33,6311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6311
ポリマ－33,6311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6311
ポリマ－33,6311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6311
ポリマ－33,6311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6311
ポリマ－33,6311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2622
ポリマ－67,2622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8670 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area22520 Å2
手法PISA
7
A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2622
ポリマ－67,2622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8640 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area22800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.607, 123.805, 120.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Pyrroline-5-carboxylate reductase 1 / P5CR 1 / P5C reductase 1


分子量: 33630.891 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.8-1M sodium acetate, 30-40mM imidazole, 50-60mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月10日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 239961 / Num. obs: 239396 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
HKL-2000データ削減
SHELXモデル構築
CNS1精密化
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.261 2326 random
Rwork0.233 --
all0.24 47236 -
obs0.235 46587 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10171 0 0 597 10768
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d1.466

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る