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- PDB-2gdm: LEGHEMOGLOBIN (OXY) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gdm
タイトルLEGHEMOGLOBIN (OXY)
要素LEGHEMOGLOBIN (OXY)
キーワードOXYGEN TRANSPORT / LEGHEMOGLOBIN / LUPINE
機能・相同性
機能・相同性情報


nodulation / response to nitrate / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leghaemoglobin, iron-binding site / Plant hemoglobins signature. / Leghaemoglobin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily ...Leghaemoglobin, iron-binding site / Plant hemoglobins signature. / Leghaemoglobin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Leghemoglobin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Harutyunyan, E.H. / Safonova, T.N. / Kuranova, I.P. / Popov, A.N. / Teplyakov, A.V. / Obmolova, G.V. / Rusakov, A.A. / Dodson, G.G. / Wilson, J.C. / Perutz, M.F.
引用
#1: ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of Ferric Complexes of the Yellow Lupin Leghemoglobin with Isoquinoline at 1.8 Angstroms Resolution (Russian)
著者: Safonova, T.N. / Teplyakov, A.V. / Obmolova, G.V. / Popov, A.N. / Kuranova, I.P. / Harutyunyan, E.G.
#2: ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 1988
タイトル: X-Ray Structure of Ferrous Complexes of the Yellow Lupin Leghemoglobin with Co and No at 1.8 Angstroms Resolution (Russian)
著者: Obmolova, G.V. / Safonova, T.N. / Teplyakov, A.V. / Popov, A.N. / Kuranova, I.P. / Harutyunyan, E.G. / Vainshtein, B.K.
#3: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1980
タイトル: X-Ray Structural Investigation of Leghemoglobin. Vi. Structure of Acetate-Ferrileghemoglobin at a Resolution of 2.0 Angstroms (Russian)
著者: Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Vainshtein, B.K. / Steigemann, W.
#4: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1980
タイトル: X-Ray Structural Investigation of Leghemoglobin. Vi. Structure of Acetate-Ferrileghemoglobin at a Resolution of 2.0 Angstroms
著者: Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Vainshtein, B.K. / Steigemann, W.
#5: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1978
タイトル: X-Ray Diffraction Study of Leghemoglobin. Iv. Determination of the Structure with 2.8 Angstroms Resolution (Russian)
著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Nekrasov, Yu.V.
#6: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1978
タイトル: X-Ray Structural Investigation of Leghemoglobin. Iv. Structure Determination at a Resolution of 2.8 Angstroms
著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Nekrasov, Yu.V.
#7: ジャーナル: Dokl.Biochem.(Engl.Transl.) / 年: 1977
タイトル: Three-Dimensional Structure of Lupine Leghemoglobin with a Resolution of 2.8 Angstroms
著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V. / Nekrasov, Yu.V.
#8: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1977
タイトル: X-Ray Structural Study of Leghemoglobin. III. Crystallographic Data on the Structure of the First Component (Russian)
著者: Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Grebenko, A.I. / Voronova, A.A.
#9: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1977
タイトル: X-Ray Structural Study of Leghemoglobin. III. Crystallographic Data Regarding the Structure of the First Component
著者: Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Grebenko, A.I. / Voronova, A.A.
#10: ジャーナル: Int.J.Pept.Protein Res. / 年: 1976
タイトル: The Haem-Accessibility in Leghaemoglobin of Lupinus Luteus as Observed by Proton Magnetic Relaxation
著者: Vuk-Pavlovic, S. / Benko, B. / Maricic, S. / Lahajnar, G. / Kuranova, I.P. / Vainshtein, B.K.
#11: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1975
タイトル: X-Ray Study of Leghemoglobin. II. Determination of the Structure with Resolution of 5 Angstroms
著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V.
#12: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1975
タイトル: X-Ray Study of Leghemoglobin. I. Purification, Crystallization, and Preparation of Derivatives Containing Heavy Atoms
著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V.
#13: ジャーナル: Nature / 年: 1975
タイトル: Structure of Leghaemoglobin from Lupin Root Nodules at 5 Angstroms Resolution
著者: Vainshtein, B.K. / Harutyunyan, E.H. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovsky, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V.
#14: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1974
タイトル: The X-Ray Structural Study of Leghemoglobin. II. Determination of the Structure at 5 Angstroms Resolution (Russian)
著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V.
#15: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1974
タイトル: The X-Ray Structural Study of Leghemoglobin. I. Purification, Crystallization, and Production of Derivatives Containing Heavy Atoms (Russian)
著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V.
#16: ジャーナル: Dokl.Akad.Nauk Sssr / 年: 1974
タイトル: X-Ray Determination of Three-Dimensional Structure of Leghemoglobin from Lupinus Luteus L. At 5 Angstroms Resolution (Russian)
著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V.
#17: ジャーナル: Dokl.Biochem.(Engl.Transl.) / 年: 1974
タイトル: X-Ray Diffraction Determination of the Three-Dimensional Structure of Leghemoglobin of Lupinus Luteus L. With 5 Angstroms Resolution
著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V.
#18: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1971
タイトル: Cell Parameters of Crystalline Plant (Lupinus Luteus (Lupine)) Hemoglobin (Russian)
著者: Arutyunyan, E.G. / Zaitsev, V.N. / Zhiznevskaya, G.Ya. / Borodenko, L.I.
#19: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1971
タイトル: Unit-Cell Parameters of Crystalline Plant Hemoglobin
著者: Arutyunyan, E.G. / Zaitsev, V.N. / Zhiznevskaya, G.Ya. / Borodenko, L.I.
履歴
登録1994年9月14日処理サイト: BNL
置き換え1995年10月15日ID: 1GDM
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年10月29日Group: Derived calculations
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEGHEMOGLOBIN (OXY)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3233
ポリマ－16,6741
非ポリマー6482
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.190, 51.950, 38.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 LEGHEMOGLOBIN (OXY)


分子量: 16674.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ)
組織: ROOT NODULES / 参照: UniProt: P02240
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: none

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データ収集

反射解像度: 1.7→7.7 Å / Num. obs: 13765 / % possible obs: 68.7 % / Observed criterion σ(I): 1
反射
*PLUS
% possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.05

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.7→7.7 Å / σ(F): 1
詳細: THE FIRST AND LAST RESIDUES OF THE PROTEIN CHAIN ARE POORLY REVEALED IN THE ELECTRON DENSITY SYNTHESIS.
Rfactor反射数%反射
obs0.158 13765 68.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→7.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1177 0 45 156 1378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0230.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0430.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0540.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0230.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0540.06
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.20.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.30.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.30.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.415
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor2020
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor27.520
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 16.8 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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