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- PDB-2gda: REFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE GLUCOCORTICOID RECEPTOR DNA-BIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gda
タイトルREFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE GLUCOCORTICOID RECEPTOR DNA-BINDING DOMAIN
要素GLUCOCORTICOID RECEPTOR
キーワードGLUCOCORTICOID RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear receptor-mediated corticosteroid signaling pathway / negative regulation of behavioral fear response / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / muscle atrophy / negative regulation of synaptic plasticity / nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / positive regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / response to inactivity / negative regulation of long-term synaptic depression ...nuclear receptor-mediated corticosteroid signaling pathway / negative regulation of behavioral fear response / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / muscle atrophy / negative regulation of synaptic plasticity / nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / positive regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / response to inactivity / negative regulation of long-term synaptic depression / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / SUMOylation of intracellular receptors / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / Nuclear Receptor transcription pathway / steroid hormone binding / response to mercury ion / glucocorticoid metabolic process / neuroinflammatory response / response to cortisol / Leydig cell differentiation / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / astrocyte differentiation / cellular response to magnesium ion / response to arsenic-containing substance / maternal behavior / negative regulation of vascular permeability / positive regulation of glutamate secretion / regulation of gluconeogenesis / adrenal gland development / cellular response to glucocorticoid stimulus / response to dexamethasone / cellular response to steroid hormone stimulus / response to corticosterone / positive regulation of dendritic spine development / motor behavior / hormone binding / regulation of glucose metabolic process / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / response to electrical stimulus / estrogen response element binding / associative learning / cellular response to dexamethasone stimulus / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / core promoter sequence-specific DNA binding / postsynaptic density, intracellular component / steroid binding / heat shock protein binding / lung development / Hsp70 protein binding / TBP-class protein binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of cytokine production / response to activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / synaptic transmission, glutamatergic / promoter-specific chromatin binding / female pregnancy / circadian rhythm / Hsp90 protein binding / response to insulin / receptor tyrosine kinase binding / response to calcium ion / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear receptor activity / spindle / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of neuron apoptotic process / regulation of cell population proliferation / protein-containing complex assembly / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / gene expression / dendritic spine / transcription coactivator activity / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / centrosome / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / chromatin / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR
データ登録者Baumann, H. / Paulsen, K. / Kovacs, H. / Berglund, H. / Wright, A.P.H. / Gustafsson, J.-A. / Hard, T.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Refined solution structure of the glucocorticoid receptor DNA-binding domain.
著者: Baumann, H. / Paulsen, K. / Kovacs, H. / Berglund, H. / Wright, A.P. / Gustafsson, J.A. / Hard, T.
#1: ジャーナル: Acc.Chem.Res. / 年: 1993
タイトル: Structure and Function of the DNA-Binding Domain of the Glucocorticoid Receptor and Other Members of the Nuclear Receptor Supergene Family
著者: Hard, T. / Gustafsson, J.-A.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Backbone Dynamics of the Glucocorticoid Receptor DNA-Binding Domain
著者: Berglund, H. / Kovacs, H. / Dahlman-Wright, K. / Gustafsson, J.-A. / Hard, T.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: Crystallographic Analysis of the Interaction of the Glucocorticoid Receptor with DNA
著者: Luisi, B.F. / Xu, W.X. / Otwinowski, Z. / Freedman, L.P. / Yamamoto, K.R. / Sigler, P.B.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: 1H NMR Studies of the Glucocorticoid Receptor DNA-Binding Domain: Sequential Assignments and Identification of Secondary Structure Elements
著者: Hard, T. / Kellenbach, E. / Boelens, R. / Kaptein, R. / Dahlman, K. / Carlstedt-Duke, J. / Freedman, L.P. / Maler, B.A. / Hyde, E. / Gustafsson, J.-A. / Yamamoto, K.R.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1990
タイトル: Solution Structure of the Glucocorticoid Receptor DNA-Binding Domain
著者: Hard, T. / Kellenbach, E. / Boelens, R. / Maler, B.A. / Dahlman, K. / Freedman, L.P. / Carlstedt-Duke, J. / Yamamoto, K.R. / Gustafsson, J.-A. / Kaptein, R.
履歴
登録1994年3月15日処理サイト: BNL
改定 1.01994年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOCORTICOID RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2063
ポリマ－8,0761
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Atom site foot note1: CYS 54 - PRO 55 MODEL 9 OMEGA = 216.77 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 GLUCOCORTICOID RECEPTOR


分子量: 8075.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P06536
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

NMR software
名称開発者分類
DGIIHAVEL精密化
CHARMMBROOKS精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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