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- PDB-2gci: The 1,1-proton transfer reaction mechanism by alpha-methylacyl-Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gci
タイトルThe 1,1-proton transfer reaction mechanism by alpha-methylacyl-CoA racemase is catalyzed by an asparte/histidine pair and involves a smooth, methionine-rich surface for binding the fatty acyl moiety
要素probable alpha-methylacyl-CoA racemase MCR
キーワードISOMERASE / Alpha-methylacyl-CoA racemase / racemase / CoA transferase / proton transfer / Coenzyme A
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / formyl-coa transferase, domain 3 / Crotonobetainyl-coa:carnitine coa-transferase; domain 1 / formyl-coa transferase, domain 3 / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...: / formyl-coa transferase, domain 3 / Crotonobetainyl-coa:carnitine coa-transferase; domain 1 / formyl-coa transferase, domain 3 / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R)-2-METHYLMYRISTOYL-COENZYME A / : / Alpha-methylacyl-CoA racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Bhaumik, P. / Wierenga, R.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Catalysis of the 1,1-Proton Transfer by alpha-Methyl-acyl-CoA Racemase Is Coupled to a Movement of the Fatty Acyl Moiety Over a Hydrophobic, Methionine-rich Surface
著者: Bhaumik, P. / Schmitz, W. / Hassinen, A. / Hiltunen, J.K. / Conzelmann, E. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2006年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: probable alpha-methylacyl-CoA racemase MCR
B: probable alpha-methylacyl-CoA racemase MCR
C: probable alpha-methylacyl-CoA racemase MCR
D: probable alpha-methylacyl-CoA racemase MCR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,41114
ポリマ－154,8914
非ポリマー4,52010
水21,7621208
1
A: probable alpha-methylacyl-CoA racemase MCR
B: probable alpha-methylacyl-CoA racemase MCR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7067
ポリマ－77,4462
非ポリマー2,2605
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16570 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area24160 Å2
手法PISA
2
C: probable alpha-methylacyl-CoA racemase MCR
D: probable alpha-methylacyl-CoA racemase MCR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7067
ポリマ－77,4462
非ポリマー2,2605
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16680 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area23980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.700, 79.810, 118.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D
91A
101B
111C
121D
131A
141B
151C
161D
12A
22B
32C
42D

NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ALAALAASPASPAA2 - 372 - 37
211ALAALAASPASPBB2 - 372 - 37
311ALAALAASPASPCC2 - 372 - 37
411ALAALAASPASPDD2 - 372 - 37
521ARGARGTHRTHRAA52 - 20552 - 205
621ARGARGTHRTHRBB52 - 20552 - 205
721ARGARGTHRTHRCC52 - 20552 - 205
821ARGARGTHRTHRDD52 - 20552 - 205
931PHEPHEGLUGLUAA304 - 321304 - 321
1031PHEPHEGLUGLUBB304 - 321304 - 321
1131PHEPHEGLUGLUCC304 - 321304 - 321
1231PHEPHEGLUGLUDD304 - 321304 - 321
1341TRPTRPALAALAAA326 - 346326 - 346
1441TRPTRPALAALABB326 - 346326 - 346
1541TRPTRPALAALACC326 - 346326 - 346
1641TRPTRPALAALADD326 - 346326 - 346
112ASPASPVALVALAA225 - 301225 - 301
212ASPASPVALVALBB225 - 301225 - 301
312ASPASPVALVALCC225 - 301225 - 301
412ASPASPVALVALDD225 - 301225 - 301

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
probable alpha-methylacyl-CoA racemase MCR / 2-methylacyl-CoA racemase / 2-arylpropionyl-CoA epimerase


分子量: 38722.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: CAB09301 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: GenBank: 2117181, UniProt: O06543*PLUS, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物
ChemComp-MRR / (R)-2-METHYLMYRISTOYL-COENZYME A / [5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-2-[[[[3-[2-(2-(R)-2-METHYLTETRADECANOYL)-SULFANYLETHYLCARBAMOYL ETHYLCARBAMOYL]-3-HYDROXY-2,2-DIMETHYL-PROPOXY]-HYDROXY-PHOSPHORYL]OXY-HYDROXY-PHOSPHORYL]OXYMETHYL]-4-HYDROXY-OXOLAN-3-YL]OXYPHOSPHONIC ACID


分子量: 991.916 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H64N7O17P3S
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.52M Ammonium phosphate, 10mM Barium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月18日 / 詳細: Bent mirror
放射モノクロメーター: Triangular / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→35 Å / Num. obs: 214258 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.6→1.8 Å / 冗長度: 61537 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X74

1x74


解像度: 1.6→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.368 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24413 10825 5.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.21186 203330 --
obs0.21015 203330 96.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.417 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10716 0 273 1208 12197
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02111243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5571.98715294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.76451408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.77323.171492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.776151680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.34815104
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028659
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.26008
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.27563
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.21099
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3650.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9771.57172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.408211144
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.15934658
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0624.54150
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1734loose positional0.225
12B1734loose positional0.185
13C1734loose positional0.175
14D1734loose positional0.155
21A589loose positional0.225
22B589loose positional0.235
23C589loose positional0.195
24D589loose positional0.25
11A1734loose thermal3.3310
12B1734loose thermal2.9910
13C1734loose thermal310
14D1734loose thermal3.3110
21A589loose thermal3.0610
22B589loose thermal2.5810
23C589loose thermal2.5810
24D589loose thermal2.8910
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.686 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 1539 -
Rwork0.259 27899 -
obs-61537 92.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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