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万見
- PDB-2gcf: Solution structure of the N-terminal domain of the coppper(I) ATP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gcf
タイトルSolution structure of the N-terminal domain of the coppper(I) ATPase PacS in its apo form
要素Cation-transporting ATPase pacS
キーワードHYDROLASE / ferredoxin-like fold / beta-alpha-beta-beta-alpha-beta / Structural Genomics / Structural Proteomics in Europe / SPINE
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type divalent copper transporter activity / P-type monovalent copper transporter activity / P-type Cu+ transporter / copper ion import / copper ion homeostasis / copper ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain ...P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable copper-transporting ATPase PacS
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Banci, L. / Bertini, I. / Ciofi-Baffoni, S. / Kandias, N.G. / Spyroulias, G.A. / Robinson, N.J. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: The delivery of copper for thylakoid import observed by NMR.
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Ciofi-Baffoni, S. / Kandias, N.G. / Robinson, N.J. / Spyroulias, G.A. / Su, X.C. / Tottey, S. / Vanarotti, M.
履歴
登録2006年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cation-transporting ATPase pacS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9101
ポリマ－7,9101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 200Minimized average structure
代表モデルモデル #1lower target funcion

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要素

#1: タンパク質 Cation-transporting ATPase pacS


分子量: 7910.031 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, residues 1-95 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: pacS / プラスミド: pET29a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P73241, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111CBCANH
121CBCA(CO)NH
1322D NOESY
1423D 15N-separated NOESY
152HNHA
1613D 13C-separated NOESY
171HNCA
181HN(CO)CA
191HNCO
1101(H)CCH-TOCSY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5mM PacS U-15N,13C, 100mM Sodium phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21.5mM PacS U-15N, 100mM Sodium phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM sodium phosphate buffer / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8004

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解析

NMR software
名称バージョン分類
XwinNMR3.6collection
PSEUDYANA1.5構造決定
Amber8精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lower target funcion
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Minimized average structure
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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