PDB-2gby: Structure of QacR Multidrug Transcriptional Regulator Bound to Bi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gby

タイトル

Structure of QacR Multidrug Transcriptional Regulator Bound to Bivalent Diamidine Berenil

要素

HTH-type transcriptional regulator qacR

キーワード

TRANSCRIPTION / Diamidine / helix-turn-helix / multridrug binding

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Schuman, J.T.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of QacR Multidrug Transcriptional Regulator Bound to Trivalent and Bivalent Diamidine Drugs
著者: Brennan, R.G. / Schuman, J.T.

履歴

登録	2006年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gby.cif.gz	162.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gby.ent.gz	131.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gby.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gby_validation.pdf.gz	659.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gby_full_validation.pdf.gz	691.1 KB	表示
XML形式データ	2gby_validation.xml.gz	30.4 KB	表示
CIF形式データ	2gby_validation.cif.gz	41 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/2gby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/2gby	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g0eC 1rpw C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jup-1 3bti-1 1rkw-1 2hq5-1 1jtx-1 2g0e-1 1jus-1 3btl-1 3bt9-1 5fgl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: HTH-type transcriptional regulator qacR

D: HTH-type transcriptional regulator qacR

A: HTH-type transcriptional regulator qacR

E: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

93.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: HTH-type transcriptional regulator qacR

A: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: HTH-type transcriptional regulator qacR

E: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

D: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

D: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

D: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator qacR

A: HTH-type transcriptional regulator qacR

E: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator qacR

A: HTH-type transcriptional regulator qacR

E: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator qacR

A: HTH-type transcriptional regulator qacR

E: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator qacR

A: HTH-type transcriptional regulator qacR

E: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
373 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
crystal symmetry operation	3_444	-y-1/2,x-1/2,z-1/2	1
crystal symmetry operation	4_444	y-1/2,-x-1/2,z-1/2	1
crystal symmetry operation	5_445	-x-1/2,y-1/2,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	6_445	x-1/2,-y-1/2,-z+1/2	1
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_445	-x-1,-y-1,z	1
crystal symmetry operation	7_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	8_445	-y-1,-x-1,-z	1

4

B: HTH-type transcriptional regulator qacR

A: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator qacR

A: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator qacR

A: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator qacR

A: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

D: HTH-type transcriptional regulator qacR

E: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

D: HTH-type transcriptional regulator qacR

E: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

D: HTH-type transcriptional regulator qacR

E: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

D: HTH-type transcriptional regulator qacR

E: HTH-type transcriptional regulator qacR

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
373 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_445	-x-1,-y-1,z	1
crystal symmetry operation	7_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	8_445	-y-1,-x-1,-z	1
crystal symmetry operation	3_444	-y-1/2,x-1/2,z-1/2	1
crystal symmetry operation	4_444	y-1/2,-x-1/2,z-1/2	1
crystal symmetry operation	5_445	-x-1/2,y-1/2,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	6_445	x-1/2,-y-1/2,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.340, 171.340, 94.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional regulator qacR 分子量: 22983.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: qacR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A0N4
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-BRN / BERENIL / DIMINAZINE ACETURATE / 1,3-TRIS-(4'AMIDINOPHENYL)TRIAZINE / ジミナゼン分子量: 281.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₅N₇ / コメント: 薬剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 3M ammonium sulfate and 1M sodium acetate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.078 Å
検出器	タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月6日
放射	モノクロメーター: fiber optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 31538 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.82 % / B_iso Wilson estimate: 42.36 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 5.65 % / R_merge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 31667 / % possible all: 9.4

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
MOSFLM	データ削減
SCALA	データスケーリング
CNS	精密化
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.9→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.938 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29	28429	-	Maximum likelihood
R_work	0.2487	-	-	-
obs	0.2487	31538	100 %	-
all	-	31714	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6188	0	76	8	6272

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.53
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.75

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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