[日本語] English
万見
- PDB-2gbv: C6A/C111A/C57A/C146A holo CuZn Superoxide dismutase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gbv
タイトルC6A/C111A/C57A/C146A holo CuZn Superoxide dismutase
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / HUMAN CU/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE / CYSTEIN-FREE
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / retina homeostasis / superoxide anion generation / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / retrograde axonal transport / regulation of protein kinase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / superoxide metabolic process / heart contraction / positive regulation of catalytic activity / superoxide dismutase / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / neuronal action potential / ectopic germ cell programmed cell death / ovarian follicle development / positive regulation of phagocytosis / axon cytoplasm / embryo implantation / dendrite cytoplasm / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / glutathione metabolic process / : / positive regulation of superoxide anion generation / thymus development / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of cytokine production / locomotory behavior / determination of adult lifespan / sensory perception of sound / placenta development / response to hydrogen peroxide / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / peroxisome / Platelet degranulation / gene expression / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hornberg, A. / Logan, D.T. / Marklund, S.L. / Oliveberg, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Coupling between Disulphide Status, Metallation and Dimer Interface Strength in Cu/Zn Superoxide Dismutase
著者: Hornberg, A. / Logan, D.T. / Marklund, S.L. / Oliveberg, M.
履歴
登録2006年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,28330
ポリマ－156,99310
非ポリマー1,29020
水26,9861498
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6576
ポリマ－31,3992
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13920 Å2
手法PISA
2
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6576
ポリマ－31,3992
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14090 Å2
手法PISA
3
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
H: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6576
ポリマ－31,3992
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14130 Å2
手法PISA
4
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6576
ポリマ－31,3992
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14070 Å2
手法PISA
5
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6576
ポリマ－31,3992
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.800, 202.370, 143.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-1591-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Cu/Zn superoxide dismutase


分子量: 15699.299 Da / 分子数: 10 / 変異: C6A/C111A/C57A/C146A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / プラスミド: pACA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.8M Ammonium Sulphate, 50mM NaAc, 0.1M TRIS-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月26日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 162729 / Num. obs: 162729 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1N18

1n18


解像度: 2→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.274 / SU ML: 0.085 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 8162 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.184 162729 --
obs0.184 162695 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.336 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20 Å20 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11060 0 20 1498 12578
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02111240
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0551.94315180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.669323410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.951520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.48725.625480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.075151810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.1371540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022040
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.21891
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1730.210075
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1580.25430
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.26409
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.21166
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0920.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1110.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1950.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.110.265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5191.59828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0741.53280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.577211800
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.10834580
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5014.53380
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 622 -
Rwork0.188 11236 -
obs-11858 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.87230.4257-0.36161.84050.19722.1567-0.0080.00740.01120.0505-0.01750.11810.1542-0.21720.0255-0.1565-0.09090.0307-0.1304-0.0263-0.1666123.768557.051452.805
21.79760.23521.18963.53280.33495.335-0.41820.05330.2497-0.0511-0.0118-0.0506-1.35730.26560.430.3769-0.0684-0.1771-0.17730.0096-0.0954174.8075117.669852.6607
31.9793-0.93860.13422.3628-0.22821.7240.0008-0.0094-0.0445-0.0402-0.02240.01590.00290.00120.0217-0.1930.05410.0139-0.15830.0128-0.1985203.167943.430652.7197
42.89060.28140.1632.98731.16322.58040.13940.2329-0.01880.0164-0.2443-0.1403-0.1348-0.08860.105-0.1727-0.0624-0.0612-0.02550.0295-0.122177.1731149.271252.3769
52.0663-0.06650.41774.812-1.05382.459-0.00110.1330.2743-0.43240.03790.21160.0659-0.1692-0.0368-0.06230.0006-0.0011-0.1301-0.02920.0592126.504587.215746.5566
63.06350.11290.17551.97230.49091.2139-0.0046-0.0009-0.05810.0088-0.04820.11450.1016-0.06540.0528-0.1754-0.03270.0252-0.1852-0.0187-0.2074149.622566.349153.6764
71.76740.83520.43162.5523-0.24411.8272-0.06820.06090.12450.0453-0.05960.0312-0.13140.07520.1278-0.17840.0088-0.0036-0.1932-0.0093-0.2036170.785390.553.7968
82.2027-1.3137-0.27783.34020.20391.4515-0.01240.02240.0222-0.1611-0.0448-0.00910.02820.01370.0573-0.18410.03570.0032-0.15670.0135-0.2066181.311360.01253.9721
92.35190.1238-0.24862.3420.20321.3321-0.10720.10490.10470.07810.178-0.2531-0.08650.2432-0.0709-0.18580.0054-0.0532-0.0371-0.052-0.138151.5285139.243551.8282
102.95290.8923-0.05824.15130.59321.1308-0.07990.0841-0.2938-0.08670.02770.29670.0834-0.06710.0522-0.11660.03970.0005-0.14570.0097-0.0561130.8894114.255348.9272
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 153 / Label seq-ID: 1 - 153

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB
33CC
44DD
55EE
66FF
77GG
88HH
99II
1010JJ

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る