PDB-2gbb: Crystal structure of secreted chorismate mutase from Yersinia pestis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gbb

タイトル

Crystal structure of secreted chorismate mutase from Yersinia pestis

要素

putative chorismate mutase

キーワード

ISOMERASE / alpha helical bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001 (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Ladner, J.E. / Reddy, P.T. / Nelson, B.C. / Robinson, H. / Kim, S.-K.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2008
タイトル: A comparative biochemical and structural analysis of the intracellular chorismate mutase (Rv0948c) from Mycobacterium tuberculosis H(37)R(v) and the secreted chorismate mutase (y2828) from Yersinia pestis.
著者: Kim, S.K. / Reddy, S.K. / Nelson, B.C. / Robinson, H. / Reddy, P.T. / Ladner, J.E.

履歴

登録	2006年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gbb.cif.gz	141.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gbb.ent.gz	112.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gbb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/2gbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/2gbb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qbvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ulv-1 6nx3-3 6nx3-1 5dtm-2 6y31-2 6y31-1 5t8d-d 6nx3-2 6uwk-d 7ldj-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: putative chorismate mutase

B: putative chorismate mutase

C: putative chorismate mutase

D: putative chorismate mutase

ヘテロ分子

72.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: putative chorismate mutase

B: putative chorismate mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: putative chorismate mutase

D: putative chorismate mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.01, 144.09, 116.63
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

The biological assembly is a dimer. The asymmetric unit contains two dimers.

#1: タンパク質	putative chorismate mutase 分子量: 17713.480 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001 (ペスト菌) 生物種: Yersinia pestis / 株: KIM / 遺伝子: y2828 / プラスミド: DE3, GroEL:YpCM fusion plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 参照: GenBank: 45435929, UniProt: Q7CHH5*PLUS, chorismate mutase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: Well solution: 1.5-1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate/phosphate buffer pH 4.2. Protein solution: 5 mg/ml in 0.025 M Tris ph 7.5, 0.0005 M EDTA, 0.0005 M DTT, 0.1 M sodium chloride. Drops: ...詳細: Well solution: 1.5-1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate/phosphate buffer pH 4.2. Protein solution: 5 mg/ml in 0.025 M Tris ph 7.5, 0.0005 M EDTA, 0.0005 M DTT, 0.1 M sodium chloride. Drops: 1:1 well:protein., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.37 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: Well solution: 1.5-1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate/phosphate buffer pH 4.2. Protein solution: 5 mg/ml in 0.025 M Tris ph 7.5, 0.0005 M EDTA, 0.0005 M DTT, 0.1 M sodium chloride. Drops: ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 13 % / Av σ(I) over netI: 8.2 / 数: 566822 / R_merge(I) obs: 0.113 / Χ²: 1.99 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 43510 / % possible obs: 99.4

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.52	50	4591	99.9	0.082	5.089	13.2
3.59	4.52	4417	100	0.08	3.456	14
3.14	3.59	4375	100	0.097	2.613	14.3
2.85	3.14	4380	100	0.127	1.847	14.4
2.65	2.85	4341	100	0.181	1.351	14.5
2.49	2.65	4339	100	0.23	1.13	14.5
2.37	2.49	4356	100	0.289	0.971	14.1
2.26	2.37	4321	99.9	0.35	0.909	12.4
2.18	2.26	4284	99.1	0.42	0.773	10.4
2.1	2.18	4106	95.3	0.469	0.717	8

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 43510 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 0.113 / Χ²: 1.991 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²
2.1-2.18	95.3	8	0.469	4106	0.717
2.18-2.26	99.1	10.4	0.42	4284	0.773
2.26-2.37	99.9	12.4	0.35	4321	0.909
2.37-2.49	100	14.1	0.289	4356	0.971
2.49-2.65	100	14.5	0.23	4339	1.13
2.65-2.85	100	14.5	0.181	4341	1.351
2.85-3.14	100	14.4	0.127	4380	1.847
3.14-3.59	100	14.3	0.097	4375	2.613
3.59-4.52	100	14	0.08	4417	3.456
4.52-50	99.9	13.2	0.082	4591	5.089

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	25.627	0.842	0.821	0.667	0.891
2	Se	25.875	0.841	0.686	0.832	0.922
3	Se	24.895	0.812	0.586	0.646	0.828
4	Se	25.393	0.808	0.919	0.854	0.893
5	Se	29.263	0.96	0.822	0.62	0.732
6	Se	27.564	0.959	0.685	0.88	0.666
7	Se	52.199	0.698	0.899	0.919	0.943
8	Se	36.485	0.051	0.809	0.646	0.65
9	Se	59.379	0.711	0.606	0.58	1.025
10	Se	55.617	0.057	0.703	0.856	0.713
11	Se	38.936	0.683	0.661	0.547	0.655
12	Se	60	0.674	0.839	0.961	1.017
13	Se	47.611	0.982	0.876	0.499	0.509
14	Se	42.157	0.973	0.634	0.002	0.426
15	Se	60	0.569	0.963	0.926	0.3
16	Se	60	0.563	0.543	0.576	0.482

Phasing dm

FOM : 0.67 / FOM acentric: 0.68 / FOM centric: 0.57 / 反射: 22704 / Reflection acentric: 20607 / Reflection centric: 2097

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.4-29.279	0.74	0.79	0.59	1061	810	251
4.6-7.4	0.76	0.79	0.59	3137	2711	426
3.7-4.6	0.81	0.83	0.68	3883	3500	383
3.3-3.7	0.75	0.76	0.63	3874	3542	332
2.8-3.3	0.62	0.63	0.48	6706	6250	456
2.6-2.8	0.46	0.47	0.42	4043	3794	249

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.09	位相決定
RESOLVE	2.09	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 5.063 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.258	2177	5.1 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
all	0.21	-	-	-
obs	-	42698	97.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.383 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4923	0	117	193	5233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	5112
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.857	1.986	6927
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.973	5	618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.061	26.008	243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.479	15	932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.026	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.176	0.2	751
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3834
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	2393
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	3430
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.256	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.199	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.25	1.5	3238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.986	2	5031
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.065	3	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.478	4.5	1896

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.216 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	284	-
R_work	0.243	5314	-
obs	-	5598	89.18 %

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