+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gbb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of secreted chorismate mutase from Yersinia pestis | ||||||
![]() | putative chorismate mutase | ||||||
![]() | ISOMERASE / alpha helical bundle | ||||||
機能・相同性 | ![]() salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ladner, J.E. / Reddy, P.T. / Nelson, B.C. / Robinson, H. / Kim, S.-K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A comparative biochemical and structural analysis of the intracellular chorismate mutase (Rv0948c) from Mycobacterium tuberculosis H(37)R(v) and the secreted chorismate mutase (y2828) from Yersinia pestis. 著者: Kim, S.K. / Reddy, S.K. / Nelson, B.C. / Robinson, H. / Reddy, P.T. / Ladner, J.E. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 114.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 492.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 507.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological assembly is a dimer. The asymmetric unit contains two dimers. |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17713.480 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Yersinia pestis / 株: KIM / 遺伝子: y2828 / プラスミド: DE3, GroEL:YpCM fusion plasmid / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: GenBank: 45435929, UniProt: Q7CHH5*PLUS, chorismate mutase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-CIT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.37 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: Well solution: 1.5-1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate/phosphate buffer pH 4.2. Protein solution: 5 mg/ml in 0.025 M Tris ph 7.5, 0.0005 M EDTA, 0.0005 M DTT, 0.1 M sodium chloride. Drops: ...詳細: Well solution: 1.5-1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate/phosphate buffer pH 4.2. Protein solution: 5 mg/ml in 0.025 M Tris ph 7.5, 0.0005 M EDTA, 0.0005 M DTT, 0.1 M sodium chloride. Drops: 1:1 well:protein., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 13 % / Av σ(I) over netI: 8.2 / 数: 566822 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 1.99 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 43510 / % possible obs: 99.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell | ID: 1
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 43510 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 1.991 / Net I/σ(I): 8.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MAD set site |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm | FOM : 0.67 / FOM acentric: 0.68 / FOM centric: 0.57 / 反射: 22704 / Reflection acentric: 20607 / Reflection centric: 2097 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.383 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.216 Å / Total num. of bins used: 10
|