PDB-2gb3: Crystal structure of Aspartate aminotransferase (tm1698) from The...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gb3

タイトル

Crystal structure of Aspartate aminotransferase (tm1698) from Thermotoga maritima at 2.50 A resolution

要素

aspartate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / tm1698 / Aspartate aminotransferase / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H₂N-アミノ基を移すもの / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Aspartate aminotransferase (tm1698) from Thermotoga maritima at 2.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDBx/mmCIF形式	2gb3.cif.gz	449 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gb3.ent.gz	364.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/2gb3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/2gb3	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3nra-d 1x0m-2 1spa-1 1u08-d 1asc-1 4a00-1 1czc-1 4azk-d 6czx-2 1asm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283555

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: 283555

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: aspartate aminotransferase

B: aspartate aminotransferase

C: aspartate aminotransferase

D: aspartate aminotransferase

E: aspartate aminotransferase

F: aspartate aminotransferase

283 kDa, 6 ポリマー
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1

A: aspartate aminotransferase

B: aspartate aminotransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: aspartate aminotransferase

D: aspartate aminotransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.4 kDa, 2 ポリマー
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3

E: aspartate aminotransferase

F: aspartate aminotransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.094, 214.051, 76.839
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.310, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / Refine code: 2

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	SER	SER	A	A	4 - 392	16 - 404
2	SER	SER	B	B	4 - 392	16 - 404
3	SER	SER	C	C	4 - 392	16 - 404
4	PHE	PHE	D	D	4 - 390	16 - 402
5	CYS	CYS	E	E	4 - 391	16 - 403
6	CYS	CYS	F	F	4 - 391	16 - 403

#1: タンパク質	aspartate aminotransferase 分子量: 47179.410 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: tm1698 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 4982275, UniProt: Q9X224*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.03 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 4.5 詳細: 35.0% 2-propanol, 0.1M Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979386

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月28日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979386 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.496→107.211 Å / Num. obs: 75747 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.139 / R_sym value: 0.139 / Net I/σ(I): 3.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_sym value	% possible all
2.5-2.56	1.9	0.2	3.5	9584	5158	0.2	89.4
2.56-2.63	1.9	0.169	4	10013	5290	0.169	96
2.63-2.71	1.9	0.144	4.5	9890	5207	0.144	95.4
2.71-2.79	1.9	0.112	6	9602	5040	0.112	95.5
2.79-2.88	1.9	0.099	7.1	9315	4885	0.099	95.1
2.88-2.98	1.9	0.086	7.5	8906	4672	0.086	94.8
2.98-3.1	4.1	0.447	1.4	19558	4734	0.447	99.4
3.1-3.22	4.5	0.386	1.6	20886	4613	0.386	100
3.22-3.37	4.5	0.297	2.1	19885	4409	0.297	100
3.37-3.53	4.5	0.228	1.6	19151	4233	0.228	100
3.53-3.72	4.5	0.174	2.9	17991	3999	0.174	99.8
3.72-3.95	4.5	0.138	3.9	17198	3803	0.138	99.8
3.95-4.22	4.5	0.114	4.5	15955	3571	0.114	99.9
4.22-4.56	4.5	0.099	5.2	14800	3309	0.099	99.7
4.56-4.99	4.4	0.093	5.1	13628	3069	0.093	99.6
4.99-5.58	4.4	0.098	4.7	11953	2742	0.098	99.7
5.58-6.44	4.2	0.088	5.1	10226	2441	0.088	99.5
6.44-7.89	4.3	0.07	6.6	8917	2069	0.07	99.6
7.89-11.16	4.6	0.052	7.2	7448	1615	0.052	100
11.16-107.21	4.4	0.057	5.3	3894	888	0.057	98.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1xi9A

解像度: 2.5→107.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 27.542 / SU ML: 0.282 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.347 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ELECTRON DENSITY MAPS INDICATE THAT THE SIDECHAINS OF LYS 232 ON THE SIX SUBUNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT FORM A SCHIFF BASE COVALENT ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	3781	5 %	RANDOM
R_work	0.229	-	-	-
obs	0.231	75283	97.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.427 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.1 Å²	0 Å²	1.06 Å²
2-	-	1.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→107.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18179	0	0	190	18369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	18624
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	17357
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.526	1.976	25290
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.927	3	39962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.537	5	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	21.265	23.164	787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.558	15	3040
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.21	15	132
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	2881
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	20773
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3939
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.3	3940
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.153	0.3	18045
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.5	9489
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.5	10656
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.5	894
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.03	0.5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.155	0.3	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.175	0.3	154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.263	0.5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.07	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.508	2	12184
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.167	2	4753
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.629	4	18834
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.731	6	7479
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.472	8	6453

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2260	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	B	2260	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	C	2260	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
4	D	2260	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
5	E	2260	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
6	F	2260	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	A	3275	MEDIUM POSITIONAL	0.47	0.5
2	B	3275	MEDIUM POSITIONAL	0.48	0.5
3	C	3275	MEDIUM POSITIONAL	0.42	0.5
4	D	3275	MEDIUM POSITIONAL	0.5	0.5
5	E	3275	MEDIUM POSITIONAL	0.5	0.5
6	F	3275	MEDIUM POSITIONAL	0.47	0.5
1	A	2260	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
2	B	2260	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
3	C	2260	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
4	D	2260	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
5	E	2260	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
6	F	2260	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
1	A	3275	MEDIUM THERMAL	0.26	2
2	B	3275	MEDIUM THERMAL	0.25	2
3	C	3275	MEDIUM THERMAL	0.25	2
4	D	3275	MEDIUM THERMAL	0.22	2
5	E	3275	MEDIUM THERMAL	0.26	2
6	F	3275	MEDIUM THERMAL	0.3	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	249	-
R_work	0.321	5014	-
obs	-	5263	92.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3236	0.0931	-0.7878	2.7765	0.6301	1.6221	-0.0098	0.0153	-0.2046	-0.2468	-0.0041	-0.2627	-0.0001	0.2223	0.0139	0.0018	0.0272	0.0042	-0.0269	-0.0263	-0.0517	-5.633	0.117	15.537
2	3.3299	0.2097	-0.3579	1.6126	0.1528	1.3583	0.1855	-0.0065	0.0208	0.0527	-0.0922	0.2002	-0.1543	-0.3746	-0.0933	0.0161	0.0199	-0.0255	0.099	-0.0728	-0.0877	-37.67	8.808	18.566
3	2.6178	-0.569	-1.0028	2.5988	-0.1182	1.9906	0.0174	0.0702	-0.0386	0.2305	-0.0486	0.2786	-0.1415	-0.3004	0.0312	0.0268	0.0193	-0.0322	-0.0351	-0.0645	-0.0098	-23.729	-36.252	55.666
4	5.0659	0.1658	-1.1337	1.9137	-0.248	1.929	0.3521	0.1897	0.3217	-0.0434	-0.0417	-0.2379	-0.1947	0.3718	-0.3103	-0.0117	-0.0077	-0.0423	0.1515	-0.1113	0.0669	8.479	-27.644	52.589
5	4.1197	-0.0488	-0.5542	1.6265	-0.1421	1.1078	0.2097	-0.0644	0.3329	-0.0207	-0.0594	-0.2264	-0.1612	0.3543	-0.1503	-0.0012	-0.0422	-0.0534	0.0217	-0.0736	-0.0387	8.666	44.148	51.531
6	2.4552	-0.6523	-0.7524	2.7637	-0.2446	1.6781	-0.0251	-0.095	0.0124	0.3207	0.0296	0.2824	-0.04	-0.2048	-0.0044	-0.0242	-0.0187	-0.022	-0.1089	-0.0495	-0.1664	-23.269	35.586	54.425

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	4 - 392	16 - 404
2	2	B	B	-1 - 392	11 - 404
3	3	C	C	2 - 392	14 - 404
4	4	D	D	1 - 390	13 - 402
5	5	E	E	-1 - 391	11 - 403
6	6	F	F	3 - 391	15 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)