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万見
- PDB-2g9p: NMR structure of a novel antimicrobial peptide, latarcin 2a, from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g9p
タイトルNMR structure of a novel antimicrobial peptide, latarcin 2a, from spider (Lachesana tarabaevi) venom
要素antimicrobial peptide Latarcin 2a
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / helix-hinge-helix
機能・相同性Latarcin precursor / Latarcin precursor / defense response to fungus / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / M-zodatoxin-Lt2a
機能・相同性情報
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, refinement in implicit membrane model (water, octanol, water slab)
データ登録者Dubovskii, P.V. / Volynsky, P.E. / Polyansky, A.A. / Chupin, V.V. / Efremov, R.G. / Arseniev, A.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Spatial structure and activity mechanism of a novel spider antimicrobial peptide.
著者: Dubovskii, P.V. / Volynsky, P.E. / Polyansky, A.A. / Chupin, V.V. / Efremov, R.G. / Arseniev, A.S.
履歴
登録2006年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE The sequence of the protein has not been deposited into any sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: antimicrobial peptide Latarcin 2a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,9131
ポリマ－2,9131
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド antimicrobial peptide Latarcin 2a


分子量: 2912.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence can be naturally found in spider (Lachesana tarabaevi) venom
参照: UniProt: Q1ELU1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY
2322D TOCSY
2422D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.7 mM Ltc2a; 102 mM SDS-d25, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
21.7 mM Ltc2a; 102 mM SDS-d25, 100 % D2O100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1no salt 6.8ambient 318 K
2no salt 6.8ambient 318 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY6001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1.C.Varian, Cocollection
XwinNMR3.1.aBruker, GMBhcollection
CYANA1.0.6.Herrmann T., Guentert P., Wuethrich K.構造決定
FANMEMvon Freyberg, B., Braun, W., Nolde, D.E., Volynsky, P.E., Arseniev, A.S., Efremov, R.G.精密化
XEASY40300000Bartels, C., Xia, T., Billeter, M., Guentert, P., Wuetrich, K.データ解析
MOLMOL2K.1Koradi, R., Billetr, M., Wuetrich, K.データ解析
精密化手法: torsion angle dynamics, refinement in implicit membrane model (water, octanol, water slab)
ソフトェア番号: 1
詳細: In total, 222 distance and 123 torsion angles constraints were used for structure calculation
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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