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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2g9p | ||||||
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タイトル | NMR structure of a novel antimicrobial peptide, latarcin 2a, from spider (Lachesana tarabaevi) venom | ||||||
![]() | antimicrobial peptide Latarcin 2a | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / helix-hinge-helix | ||||||
機能・相同性 | Latarcin precursor / Latarcin precursor / hemolysis in another organism / defense response to fungus / toxin activity / defense response to bacterium / extracellular region / M-zodatoxin-Lt2a![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics, refinement in implicit membrane model (water, octanol, water slab) | ||||||
![]() | Dubovskii, P.V. / Volynsky, P.E. / Polyansky, A.A. / Chupin, V.V. / Efremov, R.G. / Arseniev, A.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Spatial structure and activity mechanism of a novel spider antimicrobial peptide. 著者: Dubovskii, P.V. / Volynsky, P.E. / Polyansky, A.A. / Chupin, V.V. / Efremov, R.G. / Arseniev, A.S. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE The sequence of the protein has not been deposited into any sequence database. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 327.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 380.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2912.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence can be naturally found in spider (Lachesana tarabaevi) venom 参照: UniProt: Q1ELU1 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics, refinement in implicit membrane model (water, octanol, water slab) ソフトェア番号: 1 詳細: In total, 222 distance and 123 torsion angles constraints were used for structure calculation | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |