[日本語] English
万見
- PDB-2g9b: NMR solution structure of CA2+-loaded calbindin D28K -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g9b
タイトルNMR solution structure of CA2+-loaded calbindin D28K
要素Calbindin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-HAND / CA2+-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric connecting tubule development / calcium ion binding involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / calcium ion binding involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / metanephric distal convoluted tubule development / cuticular plate / metanephric part of ureteric bud development / retina layer formation / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / response to auditory stimulus / vitamin D metabolic process ...metanephric connecting tubule development / calcium ion binding involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / calcium ion binding involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / metanephric distal convoluted tubule development / cuticular plate / metanephric part of ureteric bud development / retina layer formation / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / response to auditory stimulus / vitamin D metabolic process / vitamin D binding / short-term memory / stereocilium / metanephric collecting duct development / presynaptic cytosol / regulation of long-term synaptic potentiation / postsynaptic cytosol / : / cochlea development / calyx of Held / GABA-ergic synapse / long-term memory / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / locomotory behavior / regulation of synaptic plasticity / terminal bouton / retina development in camera-type eye / postsynapse / dendritic spine / learning or memory / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / calcium ion binding / dendrite / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Calbindin / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Calbindin / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / Torsion angle dynamics, molecular dynamics simulated annealing refinement in explicit solvent (water)
データ登録者Kojetin, D.J. / Venters, R.A. / Kordys, D.R. / Thompson, R.J. / Kumar, R. / Cavanagh, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure, binding interface and hydrophobic transitions of Ca(2+)-loaded calbindin-D(28K).
著者: Kojetin, D.J. / Venters, R.A. / Kordys, D.R. / Thompson, R.J. / Kumar, R. / Cavanagh, J.
履歴
登録2006年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Calbindin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1731
ポリマ－30,1731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 900structures with the least restraint violations, structures with the lowest restraint energy
代表モデルモデル #1fewest violations, lowest restraint energy

-
要素

#1: タンパク質 Calbindin / Vitamin D-dependent calcium-binding protein / avian-type / Calbindin D28 / D-28K / Spot 35 protein


分子量: 30173.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Calb1 / プラスミド: PGEX-4T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P07171

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2114D 13C/15N-separated NOESY
2224D 13C/13C-separated NOESY
1333D CT 13C methyl-separated NOESY
243(4,2)D CT 13C/13C methyl-separated NOESY
1534D 13C/15N-separated NOESY
263(4,2)D 13C/15N-separated NOESY
1744D 15N/15N-separated NOESY
281(4,2)D 13C ali/13C aro-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using a combination of 3D, 4D and (4,2)D projection reconstruction techniques on perdeuterated and fully protonated samples.

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM calbindin D28k; U-15N,13C; 10 mM Tris, 1 mM DTT, 0.02% NaN3, 6 mM CaCl2, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM calbindin D28k; U-15N,13C; 10 mM Tris, 1 mM DTT, 0.02% NaN3, 6 mM CaCl2, 100% D2O100% D2O
31mM calbindin D28k; U-2H,15N,13C; Ile (d1 only), Leu, Val methyl protonated; 10 mM Tris, 1 mM DTT, 0.02% NaN3, 6 mM CaCl2, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
41mM calbindin D28k; U-2H,15N; 10 mM Tris, 1 mM DTT, 0.02% NaN3, 6 mM CaCl2, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
16 mM CACL2 7.0 AMBIENT 298 K
26 mM CACL2 6.2 AMBIENT 323 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1Brunger, A.T., Adams, P.D., Clore, G.M., Delano, W.L., Gros, P., Grosse-Kunstleve, R.W., Jiang, J.-S., Kuszewski, J., Nilges, M., Pannu, N.S., Read, R.J., Rice, L.M., Simonson, T., Warren, G.L.精密化
NMRPipe2.3Delaglio, F., Grzesiek, S., Vuister, G.W., Zhu, G., Pfeifer, J., Bax, A.構造決定
NMRView5Johnson, B.A., Blevins, R.A.構造決定
XPLOR-NIH2.9.4aSCHWIETERS, C.D. et al.精密化
精密化手法: Torsion angle dynamics, molecular dynamics simulated annealing refinement in explicit solvent (water)
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on 6882 NOE distance constraints, 432 dihedral angle restraints, 36 hydrogen bond restraints and 304 residual dipolar coupling restraints
代表構造選択基準: fewest violations, lowest restraint energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest restraint energy
計算したコンフォーマーの数: 900 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る