PDB-2g8s: Crystal structure of the soluble Aldose sugar dehydrogenase (Asd)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g8s

タイトル

Crystal structure of the soluble Aldose sugar dehydrogenase (Asd) from Escherichia coli in the apo-form

要素

Glucose/sorbosone dehydrogenases

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / 6 bladed beta-propellor / pyrolloquinoline quinone (PQQ) / quinoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, quinone or similar compound as acceptor / pyrroloquinoline quinone binding / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; キノンあるいはその類似化合物を用いる / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Southall, S.M. / Doel, J.J. / Richardson, D.J. / Oubrie, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Soluble Aldose Sugar Dehydrogenase from Escherichia coli: A HIGHLY EXPOSED ACTIVE SITE CONFERRING BROAD SUBSTRATE SPECIFICITY.
著者: Southall, S.M. / Doel, J.J. / Richardson, D.J. / Oubrie, A.

履歴

登録	2006年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g8s.cif.gz	341.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g8s.ent.gz	275.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g8s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/2g8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/2g8s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2vd7-2 5tvs-2 6h4u-3 2ot7-2 5f2w-2 2ybp-2 5jy8-2 4v2v-2 5a7n-2 5f32-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (4) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucose/sorbosone dehydrogenases

B: Glucose/sorbosone dehydrogenases

ヘテロ分子

80.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucose/sorbosone dehydrogenases

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glucose/sorbosone dehydrogenases

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.829, 113.475, 75.372
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological unit is a monomer of which there are two in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Glucose/sorbosone dehydrogenases 分子量: 39252.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: yliI / プラスミド: pET M-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B843 (DE3) / 参照: UniProt: P75804
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1000 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.2 詳細: 18 % PEG 6000, 100 mM CHES, 100 mM sodium chloride, 1 mM calcium chloride, pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.315→75.378 Å / Num. all: 162184 / Num. obs: 162184 / % possible obs: 72.2 % / Observed criterion σ(F): 0.2 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.057 / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 1.31→1.38 Å / % possible obs: 10.9 % / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. measured all: 4343 / Num. unique obs: 2572 / R_sym value: 0.386 / % possible all: 10.9

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.35 Å / D res low: 75.38 Å / FOM : 0.207 / FOM acentric: 0.211 / FOM centric: 0 / 反射: 116796 / Reflection acentric: 114663 / Reflection centric: 2133

Phasing MAD set

R cullis acentric: 1.42 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 1.35 Å / 最低解像度: 75.38 Å / Loc acentric: 0.2 / Loc centric: 0.2 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 114663 / Reflection centric: 2133

Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)	R cullis acentric	Loc acentric	Loc centric	Reflection acentric	Reflection centric
9.6-75.38	1.37	0.8	0.6	378	40
5.12-9.6	1.46	0.7	0.4	2231	130
3.5-5.12	1	0.6	0.5	5756	215
2.65-3.5	1.15	0.4	0.3	10890	293
2.14-2.65	1.31	0.2	0.2	17680	372
1.79-2.14	1.76	0.1	0.1	26128	447
1.54-1.79	6.79	0.1	0	32852	458
1.35-1.54	1.86	0.1	0	18748	178

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z
1	Se	17.328	0.246	0.453	0.958
2	Se	17.611	0.746	0.279	0.542
3	Se	17.379	0.849	0.216	0.301
4	Se	17.201	0.652	0.014	0.801
5	Se	18.623	0.572	0.287	0.592
6	Se	19.462	0.409	0.407	0.783
7	Se	19.025	0.909	0.323	0.716
8	Se	22.39	0.328	0.441	0.85
9	Se	24.883	0.828	0.29	0.649
10	Se	19.165	0.071	0.444	0.908
11	Se	28.584	0.748	0.1	0.204
12	Se	27.622	0.756	0.13	0.701

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
9.6-75.38	0.277	0.307	418	378	40
5.12-9.6	0.431	0.456	2361	2231	130
3.5-5.12	0.332	0.344	5971	5756	215
2.65-3.5	0.321	0.329	11183	10890	293
2.14-2.65	0.335	0.342	18052	17680	372
1.79-2.14	0.242	0.246	26575	26128	447
1.54-1.79	0.128	0.13	33310	32852	458
1.35-1.54	0.039	0.039	18926	18748	178

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 116796

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
7.32-100	61.1	0.509	967
5.17-7.32	59.2	0.796	1749
4.22-5.17	59.3	0.806	2258
3.66-4.22	59.6	0.785	2648
3.27-3.66	60.9	0.765	3018
2.99-3.27	59.6	0.749	3329
2.77-2.99	61	0.758	3600
2.59-2.77	59.9	0.767	3891
2.44-2.59	59.4	0.78	4126
2.31-2.44	60	0.776	4357
2.21-2.31	59.6	0.779	4586
2.11-2.21	59.6	0.772	4806
2.03-2.11	62.4	0.765	4938
1.96-2.03	63.4	0.758	5193
1.89-1.96	64.6	0.754	5397
1.83-1.89	65.7	0.731	5579
1.77-1.83	66.2	0.728	5685
1.72-1.77	69.8	0.722	5961
1.68-1.72	70.5	0.689	6026
1.64-1.68	74.1	0.683	6028
1.6-1.64	77.7	0.674	5672
1.56-1.6	78.1	0.668	5135
1.53-1.56	80.4	0.642	4685
1.49-1.53	81.3	0.649	4216
1.46-1.49	81.7	0.63	3646
1.44-1.46	84	0.581	3082
1.41-1.44	86.3	0.59	2517
1.38-1.41	85.9	0.6	1939
1.35-1.38	85.9	0.547	1762

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→7.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / SU B: 1.833 / SU ML: 0.032 / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.183	97142	-
R_work	0.149	-	-
all	0.149	117547	-
obs	0.148	117547	94.15 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.384 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→7.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5963	0	115	1024	7102

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	6276
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.215	1.962	8559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.184	5	852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.273	24.135	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.659	15	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.992	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	876
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4938
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	3056
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	4234
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	974
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.047	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.149	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.163	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.782	1.5	3844
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.125	2	6068
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.624	3	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.312	4.5	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.927	3	6632
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	2.599	3	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	1.595	3	6076

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.538 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.168	4944	-
obs	-	-	63.74 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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