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万見
- PDB-2g82: High Resolution Structures of Thermus aquaticus Glyceraldehyde-3-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g82
タイトルHigh Resolution Structures of Thermus aquaticus Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase: Role of 220's Loop Motion in Catalysis
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / GAPDH / G3PDH / GLYCOLYSIS / NAD / ROSSMANN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / TRIETHYLENE GLYCOL / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Jenkins, J.L. / Buencamino, R. / Tanner, J.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: High Resolution Structures of Thermus aquaticus Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase: Role of 220's Loop Motion in Catalysis
著者: Jenkins, J.L. / Buencamino, R. / Tanner, J.J.
履歴
登録2006年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
Q: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,66323
ポリマ－287,7868
非ポリマー5,87715
水28,5721586
1
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
Q: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,79111
ポリマ－143,8934
非ポリマー2,8987
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,87212
ポリマ－143,8934
非ポリマー2,9798
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)141.549, 147.403, 147.669
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 OPQRABCD

#1: タンパク質
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / GAPDH


分子量: 35973.273 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: gap / プラスミド: PBR322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3CG
参照: UniProt: P00361, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)

-
非ポリマー , 6種, 1601分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1586 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 23% PEG 300, 0.1 M Hepes, 15% isopropanol, and 5% glycerol, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→99 Å / Num. obs: 390958 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.397 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.1.24精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CER

1cer


解像度: 1.65→65.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.364 / SU ML: 0.046 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.172 18372 5 %RANDOM
Rwork0.158 ---
all0.159 345630 --
obs-364002 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.833 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→65.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19752 0 389 1586 21727
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02120846
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0219193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2361.97828491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8023.00144246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.48752696
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.23416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0223294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.024040
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.25695
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2480.224707
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1160.215153
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.21362
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1160.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1140.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2610.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3981.513288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.742221337
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.36637558
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2914.57154
LS精密化 シェル解像度: 1.646→1.689 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数
Rfree0.22 1109
Rwork0.199 21196
obs-22305
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37510.0161-0.07360.9609-0.60340.93320.0238-0.05280.06760.2486-0.1269-0.1989-0.30650.16440.10310.1121-0.057-0.05170.0638-0.00160.100918.79766.008113.198
20.36870.0398-0.0220.6259-0.21850.64080.01390.076-0.0363-0.120.01050.07050.0319-0.1074-0.02440.02820.0176-0.01880.0735-0.02180.0482-6.59850.05489.907
30.530.092-0.17980.3564-0.13170.5263-0.0397-0.0054-0.0989-0.0297-0.0239-0.07080.10650.08130.06360.01590.02520.01110.0467-0.00180.077617.50227.497113.034
40.28740.0557-0.09360.7204-0.26660.70610.028-0.03010.03420.13060.01270.1348-0.1132-0.1169-0.04070.02810.02180.02840.0669-0.01740.0677-12.47445.396128.124
50.5703-0.0998-0.05320.44440.18680.9780.01960.02920.1487-0.08270.0109-0.0132-0.2891-0.0992-0.03050.14320.0128-0.00930.05330.00860.0963-14.45460.487184.273
60.6164-0.0152-0.00680.97620.38820.8631-0.0338-0.17740.02580.23150.1044-0.19940.06330.1982-0.07060.09670.0141-0.06450.1773-0.03860.10712.86143.292204.218
70.5996-0.1519-0.23660.39660.23140.7496-0.0821-0.0334-0.14410.01830.03940.03590.1580.0420.04270.0517-0.00790.00710.03480.01190.082-11.20222.502179.296
80.6470.0558-0.03270.4340.0790.8154-0.03390.12120.0709-0.09160.05-0.1217-0.15510.2768-0.01610.0795-0.08380.02560.1894-0.00980.11317.2943.759165.856
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1O1 - 330
2X-RAY DIFFRACTION2P1 - 330
3X-RAY DIFFRACTION3Q1 - 330
4X-RAY DIFFRACTION4R1 - 330
5X-RAY DIFFRACTION5A1 - 330
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 330
7X-RAY DIFFRACTION7C1 - 330
8X-RAY DIFFRACTION8D1 - 330

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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