PDB-2g7c: Clostridium difficile Toxin A Fragment Bound to aGal(1,3)bGal(1,4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g7c

タイトル

Clostridium difficile Toxin A Fragment Bound to aGal(1,3)bGal(1,4)bGlcNAc

要素

Toxin A

キーワード

TOXIN / Linear B trisaccharide / protein-carbohydrate complex / bacterial toxin

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Greco, A. / Ho, J.G.S. / Lin, S.J. / Palcic, M.M. / Rupnik, M. / Ng, K.K.S.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Carbohydrate recognition by Clostridium difficile toxin A.
著者: Greco, A. / Ho, J.G. / Lin, S.J. / Palcic, M.M. / Rupnik, M. / Ng, K.K.

履歴

登録	2006年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2022年12月21日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

Remark 999

Sequence The differences between the sequence present in this structure and the sequence in the ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g7c.cif.gz	125 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g7c.ent.gz	96.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g7c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/2g7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/2g7c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f6eS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2oj3-d 1vc5-d 4ejr-1 5xsk-d 1xk9-d 5le8-2 1sjf-d 5le8-1 1ocu-d 4o2h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Toxin A

B: Toxin A

ヘテロ分子

60 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Toxin A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Toxin A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.682, 132.825, 65.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.29, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Toxin A

分子量: 28644.740 Da / 分子数: 2 / 断片: TcdA fragment 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium difficile (バクテリア)
株: 48489 / 遺伝子: toxA, tcdA / プラスミド: pET-3a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P16154

#2: 多糖

alpha-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 545.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpa1-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][a-D-Galp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 6% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris-Cl pH 7.0, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月25日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.115 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→60 Å / Num. all: 44075 / Num. obs: 44075 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.047 / R_sym value: 0.047 / Net I/σ(I): 27.6
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique all: 4692 / R_sym value: 0.203 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
CNS	1.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 2F6E

2f6e

解像度: 2→60 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	2210	-	random
R_work	0.195	-	-	-
all	0.197	44075	-	-
obs	0.197	44075	99.9 %	-

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.74 Å²	0 Å²	-0.278 Å²
2-	-	2.765 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.025 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→60 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3991	0	184	413	4588

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.38
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.0068

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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