PDB-2g6y: Crystal structure of the novel green fluorescent protein from mar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g6y

タイトル

Crystal structure of the novel green fluorescent protein from marine copepod Pontellina plumata

要素

green fluorescent protein 2

キーワード

LUMINESCENT PROTEIN / green fluorescent protein / natural chromophore / rapid maturation / beta-can

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence
類似検索 - 分子機能

生物種

Pontellina plumata (甲殻類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Evdokimov, A.G. / Pokross, M.E. / Chudakov, D.M.

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2006
タイトル: Structural basis for the fast maturation of Arthropoda green fluorescent protein.
著者: Evdokimov, A.G. / Pokross, M.E. / Egorov, N.S. / Zaraisky, A.G. / Yampolsky, I.V. / Merzlyak, E.M. / Shkoporov, A.N. / Sander, I. / Lukyanov, K.A. / Chudakov, D.M.

履歴

登録	2006年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 999

;SEQUENCE Residues GLY 57, TYR 58 and GLY 59 constitute the chromophore CR2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g6y.cif.gz	388.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g6y.ent.gz	321.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g6y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/2g6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/2g6y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g6xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2g6x-d 5ltq-2 4jf9-1 5ltq-4 6q1v-d 6vop-1 6p09-d 3bzw-3 5ovj-1 6p0e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: green fluorescent protein 2

B: green fluorescent protein 2

C: green fluorescent protein 2

D: green fluorescent protein 2

97.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.007, 97.160, 75.153
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.46, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	green fluorescent protein 2 分子量: 24394.172 Da / 分子数: 4 変異: K5E, V117M, V149D, V151D, A155T, F168S, L200D, I219D 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pontellina plumata (甲殻類) / 遺伝子: ppluGFP2 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue / 参照: GenBank: 33243028, UniProt: Q6WV12*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 886 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.25 M sodium malonate, 100 mM sodium acetate, 2.2 M ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月5日 / 詳細: silicon
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→29.74 Å / Num. all: 122154 / Num. obs: 122154 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 26.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 16.77
反射シェル	解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique all: 19165 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→29.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 3.556 / SU ML: 0.057 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	6137	5 %	RANDOM
R_work	0.162	-	-	-
all	0.165	122154	-	-
obs	0.162	122152	95.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.407 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.65 Å²	0 Å²	0.41 Å²
2-	-	0.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6818	0	0	886	7704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	7284
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.94	1.949	9899
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.672	5	942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.187	23.528	360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.616	15	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.383	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	3291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	4972
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	677
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.258	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.419	1.5	4477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.424	2	7097
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.975	3	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.822	4.5	2754

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	423	-
R_work	0.191	7655	-
obs	-	8078	85.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2947	0.0894	-0.066	0.1524	-0.0237	0.3053	-0.0097	-0.0198	0.0213	-0.0093	-0.0159	0.0299	0.001	0.0106	0.0255	-0.0258	0.0003	0.0027	-0.0197	0.0081	0.0182	-11.8743	14.6329	21.0373
2	0.2232	-0.0509	-0.3043	0.1736	0.0127	0.6742	0.0084	-0.041	0.0562	-0.012	0.0487	-0.0582	0.0174	0.0832	-0.0571	-0.0283	0.0017	0.0018	-0.0061	-0.0227	0.0246	17.9007	14.2943	23.3652
3	0.3416	-0.1555	-0.0702	0.5128	0.3434	0.6874	-0.0361	-0.0683	-0.0045	0.0057	0.0989	-0.0754	0.0415	0.0598	-0.0627	-0.0319	0.0131	-0.0063	-0.0137	-0.009	0.0031	16.4788	-16.3765	23.2567
4	0.1688	-0.1197	-0.1547	0.4256	0.1157	0.315	0.0187	0.0176	-0.0391	-0.0241	-0.0528	0.0529	-0.0323	-0.0366	0.0341	-0.0211	0.0095	0.0017	-0.0248	-0.0047	0.0122	-10.2023	-13.6238	9.4415

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	3 - 218	3 - 216
2	2	B	B	1 - 218	1 - 216
3	3	C	C	2 - 219	2 - 217
4	4	D	D	3 - 219	3 - 217

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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