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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2g6d | ||||||
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タイトル | Human cathepsin S mutant with vinyl sulfone inhibitor CRA-14009 | ||||||
![]() | cathepsin S | ||||||
![]() | HYDROLASE / Papain / Cysteine protease / proteinase / 14009 | ||||||
機能・相同性 | ![]() cathepsin S / basement membrane disassembly / positive regulation of cation channel activity / antigen processing and presentation of peptide antigen / endolysosome lumen / response to acidic pH / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures ...cathepsin S / basement membrane disassembly / positive regulation of cation channel activity / antigen processing and presentation of peptide antigen / endolysosome lumen / response to acidic pH / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / toll-like receptor signaling pathway / antigen processing and presentation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / fibronectin binding / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / laminin binding / collagen binding / MHC class II antigen presentation / phagocytic vesicle / Degradation of the extracellular matrix / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein processing / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / late endosome / tertiary granule lumen / collagen-containing extracellular matrix / adaptive immune response / ficolin-1-rich granule lumen / lysosome / immune response / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Somoza, J.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Human cathepsin S mutant with vinyl sulfone inhibitor CRA-14009 著者: Somoza, J.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 758.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 760.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24077.119 Da / 分子数: 1 / 変異: S108R, E184K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MQQ / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.13 % |
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結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 詳細: Under typical crystallization conditions the reservoir contained 80 mM ammonium sulfate and 12% (w/v) polyethylene glycol 8000. This was allowed to equilibrate with a hanging drop containing ...詳細: Under typical crystallization conditions the reservoir contained 80 mM ammonium sulfate and 12% (w/v) polyethylene glycol 8000. This was allowed to equilibrate with a hanging drop containing 2 microliters of the reservoir solution and 2 microliters of a 10 mg/mL protein solution in 25 mM sodium acetate (pH 4.5)., VAPOR DIFFUSION, temperature 280.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 280 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 11532 / % possible obs: 81.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Χ2: 1.18 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / % possible obs: 85.3 % / Rmerge(I) obs: 0.866 / Num. unique obs: 1178 / Χ2: 1.046 / % possible all: 85.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.795 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→69.08 Å
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拘束条件 | タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
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Xplor file |
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