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- PDB-2g3n: Crystal structure of the Sulfolobus solfataricus alpha-glucosidas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g3n
タイトルCrystal structure of the Sulfolobus solfataricus alpha-glucosidase MalA in complex with beta-octyl-glucopyranoside
要素Alpha-glucosidase
キーワードHYDROLASE / alpha-glucosidase / enzyme-carbohydrate complex / glycoside hydrolase family 31 / multidomain protein / (beta/alpha)8 barrel / retaining mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


: / alpha-1,4-glucosidase activity / alpha-glucosidase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl hydrolases family 31, active site / Glycosyl hydrolases family 31 active site. / glycosyl hydrolase (family 31) / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain ...: / Glycosyl hydrolases family 31, active site / Glycosyl hydrolases family 31 active site. / glycosyl hydrolase (family 31) / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-glucosidase / Alpha-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Ernst, H.A. / Lo Leggio, L. / Willemoes, M. / Leonard, G. / Blum, P. / Larsen, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of the Sulfolobus solfataricus alpha-Glucosidase: Implications for Domain Conservation and Substrate Recognition in GH31.
著者: Ernst, H.A. / Lo Leggio, L. / Willemoes, M. / Leonard, G. / Blum, P. / Larsen, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Characterization of different crystal forms of the alpha-glucosidase MalA from Sulfolobus solfataricus
著者: Ernst, H.A. / Willemoes, M. / Lo Leggio, L. / Leonard, G. / Blum, P. / Larsen, S.
履歴
登録2006年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-glucosidase
B: Alpha-glucosidase
C: Alpha-glucosidase
D: Alpha-glucosidase
E: Alpha-glucosidase
F: Alpha-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)485,23512
ポリマ－483,4816
非ポリマー1,7546
水11,079615
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26590 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area131740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.090, 174.430, 144.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Alpha-glucosidase / Maltase


分子量: 80580.195 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: 98-2 / 遺伝子: malA / プラスミド: pMW800 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NF1830
参照: UniProt: O59645, UniProt: P0CD66*PLUS, alpha-glucosidase
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 615 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 10 % PEG 4000, 0.2 M sodium citrate, 0.1 M sodium acetate, 0.5 % beta-octyl-glucopyranoside, microseeding, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→24.2 Å / Num. obs: 154885 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 34.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 11.67
反射 シェル解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 5.3

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.391 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.643
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å24.16 Å
Translation2.5 Å24.16 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A trimmed version of the trimer in PDB code 2G3M

2g3m


解像度: 2.55→24.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3189066.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: maximum likelihood
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 7300 5 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.191 145907 96.3 %-
all-154885 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.366 Å2 / ksol: 0.382443 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.62 Å20 Å27.9 Å2
2---5.3 Å20 Å2
3----11.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→24.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34098 0 84 615 34797
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it22
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.072.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 1228 4.9 %
Rwork0.265 23650 -
obs--98.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein_nohydrogen.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3cis_peptide.paramBOG_trunc.top
X-RAY DIFFRACTION4BOG_trunc.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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