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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2g2n | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of E.coli transthyretin-related protein with bound Zn | ||||||
要素 | Transthyretin-like protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Transthyretin / Transthyretin-related protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroxyisourate hydrolase / hydroxyisourate hydrolase activity / purine nucleobase metabolic process / protein homotetramerization / periplasmic space / protein-containing complex / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Lundberg, E. / Backstrom, S. / Sauer, U.H. / Sauer-Eriksson, A.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2006 タイトル: The transthyretin-related protein: structural investigation of a novel protein family 著者: Lundberg, E. / Backstrom, S. / Sauer, U.H. / Sauer-Eriksson, A.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2g2n.cif.gz | 108.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2g2n.ent.gz | 84.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2g2n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2g2n_validation.pdf.gz | 454.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2g2n_full_validation.pdf.gz | 454.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2g2n_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2g2n_validation.cif.gz | 29.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/2g2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/2g2n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains one biological tetramer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13029.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P76341 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.39 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 550 MME, 100mM MES, 10mM ZnSO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8033 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月6日 |
放射 | モノクロメーター: Triangular Si (111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→17.05 Å / Num. all: 44377 / Num. obs: 44377 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.604 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 90.3 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.1.27 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1F41 解像度: 1.65→17.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.902 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.515 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→17.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.692 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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