PDB-2g1z: X-ray structure of the oligonucleotide sequence d(AAATTT)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g1z

タイトル

X-ray structure of the oligonucleotide sequence d(AAATTT)

要素

5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3'

キーワード

DNA / oligonucleotide / adenine / thymine

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.11 Å

データ登録者

Valls, N. / Santaolalla, A. / Campos, J.L. / Subirana, J.A.

引用

ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2007
タイトル: Packing features of the all-AT oligonucleotide d(AAATTT).
著者: Valls, N. / Santaolalla, A. / Campos, J.L. / Subirana, J.A.

履歴

登録	2006年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年11月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g1z.cif.gz	16.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g1z.ent.gz	11.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g1z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2g1z_validation.pdf.gz	376.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2g1z_full_validation.pdf.gz	377.3 KB	表示
XML形式データ	2g1z_validation.xml.gz	2.6 KB	表示
CIF形式データ	2g1z_validation.cif.gz	2.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/2g1z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/2g1z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4u9m-3 4u9m-2 6gim-1 4u9m-1 2li9-d 1mp7-d 1j5j-d 5lit-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3'

C: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3'

B: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3'

5.42 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3'

C: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3'

登録者が定義した集合体
3.61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3'

登録者が定義した集合体
3.61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.127, 43.127, 176.579
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: DNA鎖	5'-D(APAPAPTPTPT)-3' 分子量: 1807.241 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.68 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25mM cacodylate, 100mM calcium chloride, 20mM lythium chloride, 0.5mM spermine, 32% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	cacodylate	1	1
2	CaCl2	1	1
3	LiCl	1	1
4	spermine	1	1
5	MPD	1	1
6	cacodylate	1	2
7	CaCl2	1	2
8	LiCl	1	2
9	MPD	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.984 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→40 Å / Num. all: 1301 / Num. obs: 1284 / % possible obs: 98.8 % / R_merge(I) obs: 0.032 / R_sym value: 0.062
反射シェル	解像度: 3.1→3.21 Å / R_merge(I) obs: 0.053 / R_sym value: 0.165 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.11→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 24.117 / SU ML: 0.408 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.691 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3796	128	10.1 %	RANDOM
R_work	0.28185	-	-	-
obs	0.29132	1139	98.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.625 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.73 Å²	4.37 Å²	0 Å²
2-	-	8.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.11→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	360	0	0	360

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	402
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.835	3	615
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	189
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.236	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.814	3	402
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.331	4.5	615
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.108→3.187 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.806	8
R_work	0.257	81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8675	-0.6194	-0.0714	3.2215	-0.7551	8.4373	0.0346	0.1167	-0.0669	0.0818	-0.0716	-0.1335	-0.0332	-0.1023	0.037	0.0571	0.0188	-0.0077	0.0525	-0.0153	0.1161	6.7759	12.6089	-9.8139
2	1.1146	-2.2878	-2.7804	4.8701	-2.5915	3.9477	-0.049	-0.0717	-0.3195	-0.0532	0.3046	0.009	0.5893	0.096	-0.2556	0.0537	0.0398	0.0721	0.1319	0.0041	0.1205	-13.8775	-2.9099	87.3797

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A - C	A - B	1 - 12	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	C	1 - 6	1 - 6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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