PDB-2g0t: Crystal structure of a putative nucleotide binding protein (tm079...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g0t

タイトル

Crystal structure of a putative nucleotide binding protein (tm0796) from Thermotoga maritima at 2.67 A resolution

要素

conserved hypothetical protein

キーワード

phosphate-BINDING PROTEIN / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

Uncharacterised conserved protein UCP026760 / Domain of unknown function DUF1611, P-loop / Domain of unknown function DUF1611-N, Rossmann-like domain / Domain of unknown function (DUF1611_C) P-loop domain / Domain of unknown function (DUF1611_N) Rossmann-like domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.67 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (tm0796) from Thermotoga maritima at 2.67 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g0t.cif.gz	145.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g0t.ent.gz	113.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g0t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/2g0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/2g0t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5dcu-d 1n4p-2 2ywf-d 2a1h-d 5hes-d 5bwx-d 4x68-d 2z7h-d 1kta-d 3ktc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282666

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: conserved hypothetical protein

B: conserved hypothetical protein

ヘテロ分子

78.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: conserved hypothetical protein

B: conserved hypothetical protein

ヘテロ分子

A: conserved hypothetical protein

B: conserved hypothetical protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	191.634, 191.634, 191.634
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	HIS	HIS	A	A	15 - 115	27 - 127
2	1	ILE	ILE	HIS	HIS	B	B	15 - 115	27 - 127
1	2	GLU	GLU	HIS	HIS	A	A	94 - 115	106 - 127
2	2	GLU	GLU	HIS	HIS	B	B	94 - 115	106 - 127
1	3	GLU	GLU	VAL	VAL	A	A	130 - 220	142 - 232
2	3	GLU	GLU	VAL	VAL	B	B	130 - 220	142 - 232
1	4	ILE	ILE	ASP	ASP	A	A	235 - 270	247 - 282
2	4	ILE	ILE	ASP	ASP	B	B	235 - 270	247 - 282
1	5	ASN	ASN	ALA	ALA	A	A	300 - 335	312 - 347
2	5	ASN	ASN	ALA	ALA	B	B	300 - 335	312 - 347

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	conserved hypothetical protein 分子量: 38817.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: tm0796 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 4981325, UniProt: Q9WZQ3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.22 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 6.6 詳細: 0.2M NH4Formate, 20.0% PEG-3350, No Buffer, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979224, 0.979508, 0.885567

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月6日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979224	1
2	0.979508	1
3	0.885567	1

反射

解像度: 2.67→29.928 Å / Num. obs: 34565 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.188 / R_sym value: 0.188 / Net I/σ(I): 3.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_sym value	% possible all
2.67-2.74	5.8	0.892	0.8	14093	2426	0.892	96.5
2.74-2.81	6.6	0.769	1	16048	2425	0.769	99.3
2.81-2.9	7.7	0.67	1.1	18329	2374	0.67	99.9
2.9-2.99	10	0.582	1.3	23090	2317	0.582	100
2.99-3.08	10.6	0.516	1.5	24111	2269	0.516	100
3.08-3.19	10.6	0.376	2.1	23204	2184	0.376	100
3.19-3.31	10.6	0.312	2.5	22306	2110	0.312	100
3.31-3.45	10.5	0.237	1.8	21348	2027	0.237	100
3.45-3.6	10.5	0.188	4	20694	1972	0.188	100
3.6-3.78	10.4	0.149	5.1	19510	1869	0.149	100
3.78-3.98	10.4	0.136	5.5	18664	1787	0.136	100
3.98-4.22	10.4	0.121	6.3	17635	1702	0.121	100
4.22-4.51	10.3	0.096	7.7	16530	1606	0.096	99.7
4.51-4.87	10.2	0.101	7.2	15260	1499	0.101	100
4.87-5.34	10	0.125	5.7	13941	1395	0.125	100
5.34-5.97	9.8	0.165	4.3	12358	1264	0.165	100
5.97-6.89	9.6	0.136	5.3	10989	1147	0.136	100
6.89-8.44	8.8	0.08	8.5	8540	965	0.08	99.5
8.44-11.94	9.5	0.056	11.7	7479	785	0.056	99.9
11.94-29.93	8.6	0.059	10.8	3805	442	0.059	93.7

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.67→29.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 16.895 / SU ML: 0.175 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.262
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THERE ARE TWO RAMACHANDRAN OUTLIERS, WHICH ARE SUPPORTED BY THE DENSITY. 3. PHOSPHATE IS MODELED INTO THE PUTATIVE ADP BINDING SITE. 4. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	1734	5 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
obs	0.208	34472	99.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.967 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.67→29.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5176	0	25	148	5349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	5330
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.367	1.974	7230
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.482	3	11619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.897	5	679
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.912	23.953	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.58	15	896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.515	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5899
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	991
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.153	0.2	4996
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2645
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	3141
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.146	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.212	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.046	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.537	1.5	3652
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.078	1.5	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.738	2	5413
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.927	3	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.454	4.5	1814

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	591	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	894	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.5
1	591	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	894	MEDIUM THERMAL	0.21	2
2	130	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	190	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
2	130	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
2	190	MEDIUM THERMAL	0.15	2
3	526	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
3	792	MEDIUM POSITIONAL	0.4	0.5
3	526	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
3	792	MEDIUM THERMAL	0.23	2
4	209	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
4	324	MEDIUM POSITIONAL	0.1	0.5
4	209	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
4	324	MEDIUM THERMAL	0.21	2
5	210	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
5	293	MEDIUM POSITIONAL	0.42	0.5
5	210	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
5	293	MEDIUM THERMAL	0.3	2

LS精密化シェル

解像度: 2.671→2.74 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.34	128	-
R_work	0.296	2275	-
obs	-	2403	96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2041	0.2746	-0.5903	1.099	0.2227	1.0018	0.0841	-0.3945	-0.0813	0.2477	-0.0974	0.1398	0.0026	0.0008	0.0133	-0.063	-0.0693	0.005	-0.0682	0.0219	-0.1262	52.303	138.189	75.918
2	1.5738	0.237	-0.0752	1.0365	0.1349	0.6896	0.0259	-0.0285	-0.1354	0.0675	0.0153	-0.0516	0.0643	-0.0187	-0.0412	-0.1306	0.0215	0.0042	-0.131	0.0156	-0.153	58.537	109.988	55.407

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 0 - 338 / Label seq-ID: 12 - 350

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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