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- PDB-2g0n: The Crystal Structure of the Human RAC3 in complex with GDP and C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g0n
タイトルThe Crystal Structure of the Human RAC3 in complex with GDP and Chloride
要素Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTPase RAC3A / small GTP binding protein / p21 rac / ras-related C3 botulinum toxin substrate 3 / signalling protein / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic actin cytoskeleton organization / cerebral cortex GABAergic interneuron development / regulation of neutrophil migration / NADPH oxidase complex / regulation of neuron maturation / respiratory burst / cortical cytoskeleton organization / cell projection assembly / motor neuron axon guidance / PCP/CE pathway ...postsynaptic actin cytoskeleton organization / cerebral cortex GABAergic interneuron development / regulation of neutrophil migration / NADPH oxidase complex / regulation of neuron maturation / respiratory burst / cortical cytoskeleton organization / cell projection assembly / motor neuron axon guidance / PCP/CE pathway / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / neuromuscular process controlling balance / synaptic transmission, GABAergic / filamentous actin / establishment or maintenance of cell polarity / Rac protein signal transduction / regulation of postsynapse assembly / RAC3 GTPase cycle / endomembrane system / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / homeostasis of number of cells within a tissue / actin filament organization / small monomeric GTPase / cell periphery / cell chemotaxis / regulation of actin cytoskeleton organization / Wnt signaling pathway / calcium-dependent protein binding / regulation of cell shape / lamellipodium / G protein activity / growth cone / actin cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / postsynapse / neuron projection / intracellular signal transduction / neuronal cell body / GTPase activity / protein kinase binding / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Yang, X. / Zao, Y. / Elkins, J. / Gileadi, C. / Burgess, N. / Colebrook, S. / Gileadi, O. / Fedorov, O. / Bunkoczi, G. ...Ugochukwu, E. / Yang, X. / Zao, Y. / Elkins, J. / Gileadi, C. / Burgess, N. / Colebrook, S. / Gileadi, O. / Fedorov, O. / Bunkoczi, G. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. / Doyle, D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of the Human RAC3 in complex with GDP and Chloride
著者: Ugochukwu, E. / Yang, X. / Zao, Y. / Elkins, J. / Gileadi, C. / Burgess, N. / Colebrook, S. / Gileadi, O. / Fedorov, O. / Bunkoczi, G. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / ...著者: Ugochukwu, E. / Yang, X. / Zao, Y. / Elkins, J. / Gileadi, C. / Burgess, N. / Colebrook, S. / Gileadi, O. / Fedorov, O. / Bunkoczi, G. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. / Doyle, D.
履歴
登録2006年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
B: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9119
ポリマ－39,8702
非ポリマー1,0417
水4,972276
1
A: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4735
ポリマ－19,9351
非ポリマー5384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4384
ポリマ－19,9351
非ポリマー5033
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.932, 80.841, 84.563
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNPHEPHE2AA2 - 283 - 29
21GLNGLNPHEPHE2BB2 - 283 - 29
32PROPROTYRTYR6AA29 - 3230 - 33
42PROPROTYRTYR6BB29 - 3230 - 33
53ILEILEASNASN2AA33 - 3934 - 40
63ILEILEASNASN2BB33 - 3934 - 40
74TYRTYRVALVAL6AA40 - 5141 - 52
84TYRTYRVALVAL6BB40 - 5141 - 52

-
要素

#1: タンパク質 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 3 / p21-Rac3


分子量: 19934.928 Da / 分子数: 2 / 断片: RAC3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC3 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)-R3 / 参照: UniProt: P60763
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→22.43 Å / Num. obs: 29868 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MH1

1mh1


解像度: 1.9→22.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.526 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22098 1515 5.1 %RANDOM
Rwork0.16528 ---
all0.16809 28345 --
obs0.16809 28345 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.426 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å20 Å2
2--1.38 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→22.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2739 0 61 276 3076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222888
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3532.0013959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9334667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6825365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82723.565115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.81315456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1971519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02574
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2561
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.22022
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.21413
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21409
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1390.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1950.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.14131944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.883719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.03352923
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.53471218
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.468111031
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
200tight positional0.050.05
197medium positional0.390.5
160loose positional0.755
200tight thermal0.170.5
197medium thermal1.092
160loose thermal3.1210
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 115 -
Rwork0.238 2064 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1450.147-0.03091.3485-0.00071.5857-0.00660.04850.0505-0.02760.01850.05710.05260.0541-0.0119-0.15690.00550.0116-0.1512-0.0013-0.1109-16.04514.7602-7.3973
21.76590.0327-0.01571.48890.84172.09020.0367-0.1306-0.00110.19230.01910.0290.34470.1576-0.0558-0.06260.0328-0.0086-0.13590.0054-0.1309-10.2087-13.8694-12.6975
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1773 - 178
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 1773 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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