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万見
- PDB-2fwr: Structure of Archaeoglobus Fulgidis XPB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fwr
タイトルStructure of Archaeoglobus Fulgidis XPB
要素DNA repair protein RAD25
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA Unwinding / DNA Repair / XPB
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity, acting on DNA / DNA conformation change / DNA 3'-5' helicase / isomerase activity / helicase activity / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #30 / Xeroderma pigmentosum group B helicase, damage recognition domain / Xeroderma pigmentosum group B helicase damage recognition domain / : / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #30 / Xeroderma pigmentosum group B helicase, damage recognition domain / Xeroderma pigmentosum group B helicase damage recognition domain / : / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / PHOSPHATE ION / DNA 3'-5' translocase XPB
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Fan, L. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Conserved XPB Core Structure and Motifs for DNA Unwinding: Implications for Pathway Selection of Transcription or Excision Repair
著者: Fan, L. / Arvai, A.S. / Cooper, P.K. / Iwai, S. / Hanaoka, F. / Tainer, J.A.
履歴
登録2006年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RAD25
B: DNA repair protein RAD25
C: DNA repair protein RAD25
D: DNA repair protein RAD25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,03515
ポリマ－216,0954
非ポリマー94011
水19,2041066
1
A: DNA repair protein RAD25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2995
ポリマ－54,0241
非ポリマー2754
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA repair protein RAD25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3094
ポリマ－54,0241
非ポリマー2853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DNA repair protein RAD25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1192
ポリマ－54,0241
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DNA repair protein RAD25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3094
ポリマ－54,0241
非ポリマー2853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.085, 97.963, 113.731
Angle α, β, γ (deg.)79.03, 85.54, 89.69
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The asymetric unit contains 4 biological units (chains A,B,C,D).

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要素

#1: タンパク質
DNA repair protein RAD25


分子量: 54023.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / プラスミド: PET-28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O29889
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1066 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: TRIS/HCL, PEG 20K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 57207 / Num. obs: 57207 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.038 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible obs: 51.1 % / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Num. unique obs: 3271 / Χ2: 0.667 / % possible all: 51.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
ADSCデータ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→29.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 457366.125 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 2735 5.1 %RANDOM
Rwork0.237 ---
all0.221 54080 --
obs0.221 54080 84.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 97.511 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 63.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.41 Å2-0.22 Å2-1.06 Å2
2--4.78 Å2-3.72 Å2
3----1.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13651 0 40 1078 14769
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.441.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.592
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.692.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 264 4.9 %
Rwork0.315 5114 -
obs-5378 50.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4ioh.parioh.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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