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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fvx | ||||||
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タイトル | CLOSTRIDIUM BEIJERINCKII FLAVODOXIN MUTANT: G57T REDUCED (277K) | ||||||
要素 | FLAVODOXIN | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / FLAVOPROTEIN / FMN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Clostridium beijerinckii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Ludwig, M.L. / Pattridge, K.A. / Metzger, A.L. / Dixon, M.M. / Eren, M. / Feng, Y. / Swenson, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Control of oxidation-reduction potentials in flavodoxin from Clostridium beijerinckii: the role of conformation changes. 著者: Ludwig, M.L. / Pattridge, K.A. / Metzger, A.L. / Dixon, M.M. / Eren, M. / Feng, Y. / Swenson, R.P. #1: ジャーナル: Flavins and Flavoproteins 1993 : Proceedings of the Eleventh International Symposium, Nagoya (Japan) July 27-31, 1993 年: 1994 タイトル: Cis-Trans Isomerization of the 57-58 Peptide in Crystalline Flavodoxins from C. Beijerinckii 著者: Ludwig, M.L. / Dixon, M.M. / Pattridge, K.A. / Swenson, R.P. #2: ジャーナル: Chemistry and Biochemistry of Flavoenzymes / 年: 1992 タイトル: Structure and Redox Properties of Clostridial Flavodoxin 著者: Ludwig, M.L. / Luschinsky, C.L. #3: ジャーナル: Flavins and Flavoproteins 1990 : Proceedings of the Tenth International Symposium, Como, Italy, July 15-20, 1990 年: 1991 タイトル: Structural Characterization of Site Mutants of Clostridial Flavodoxin 著者: Ludwig, M.L. / Pattridge, K.A. / Eren, M. / Swenson, R.P. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990 タイトル: Structure and Oxidation-Reduction Behavior of 1-Deaza-Fmn Flavodoxins: Modulation of Redox Potentials in Flavodoxins 著者: Ludwig, M.L. / Schopfer, L.M. / Metzger, A.L. / Pattridge, K.A. / Massey, V. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977 タイトル: Structure of the Semiquinone Form of Flavodoxin from Clostridium Mp. Extension of 1.8 A Resolution and Some Comparisons with the Oxidized State 著者: Smith, W.W. / Burnett, R.M. / Darling, G.D. / Ludwig, M.L. #6: ジャーナル: FLAVINS AND FLAVOPROTEINS / 年: 1976 タイトル: The Structure of Clostridium Mp Flavodoxin as a Function of Oxidation State, Some Comparisons of the Fmn-Binding Sites in Oxidized, Semiquinone and Reduced Forms 著者: Ludwig, M.L. / Burnett, R.M. / Darling, G.D. / Jordan, S.R. / Kendall, D.S. / Smith, W.W. #7: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1974 タイトル: The Structure of the Oxidized Form of Clostridial Flavodoxin at 1.9-A Resolution 著者: Burnett, R.M. / Darling, G.D. / Kendall, D.S. / Lequesne, M.E. / Mayhew, S.G. / Smith, W.W. / Ludwig, M.L. #8: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1972 タイトル: Structure of the Radical Form of Clostridial Flavodoxin: A New Molecular Model 著者: Andersen, R.D. / Apgar, P.A. / Burnett, R.M. / Darling, G.D. / Lequesne, M.E. / Mayhew, S.G. / Ludwig, M.L. #9: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1969 タイトル: The Structure of a Clostridial Flavodoxin. I. Crystallographic Characterization of the Oxidized and Semiquinone Forms 著者: Ludwig, M.L. / Andersen, R.D. / Mayhew, S.G. / Massey, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fvx.cif.gz | 43.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fvx.ent.gz | 30.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fvx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/2fvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/2fvx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1flaC 1fldC 1flnC 1fvxC 2faxC 2fdxC 2flvC 2foxC 3nllC 4nllC 4nulC 5nllC 5nulC 5ullC 6nulC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15388.332 Da / 分子数: 1 / 変異: G57T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: REDUCED 由来: (組換発現) Clostridium beijerinckii (バクテリア) 細胞株: XL1-BLUE / 細胞株 (発現宿主): XL1-BLUE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00322 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.36 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1990年5月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→10 Å / Num. obs: 14245 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.0528 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 0 詳細: RESIDUES 56 - 60 WERE REFINED AS ALTERNATE CONFORMERS.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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