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万見
- PDB-2fv2: Crystal Structure Analysis of human Rcd-1 conserved region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fv2
タイトルCrystal Structure Analysis of human Rcd-1 conserved region
要素RCD1 required for cell differentiation1 homolog
キーワードTRANSCRIPTION / ARMADILLO-REPEAT
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / sex differentiation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / epidermal growth factor receptor binding ...CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / sex differentiation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / P-body / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / kinase binding / cytokine-mediated signaling pathway / transcription coactivator activity / negative regulation of translation / protein domain specific binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
CCR4-NOT transcription complex subunit 9 / Cell differentiation family, Rcd1-like / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / CCR4-NOT transcription complex subunit 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Garces, R.G. / Gillon, W. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Atomic model of human Rcd-1 reveals an armadillo-like-repeat protein with in vitro nucleic acid binding properties.
著者: Garces, R.G. / Gillon, W. / Pai, E.F.
履歴
登録2006年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RCD1 required for cell differentiation1 homolog
B: RCD1 required for cell differentiation1 homolog
C: RCD1 required for cell differentiation1 homolog
D: RCD1 required for cell differentiation1 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,1415
ポリマ－122,0864
非ポリマー551
水11,908661
1
A: RCD1 required for cell differentiation1 homolog
B: RCD1 required for cell differentiation1 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0983
ポリマ－61,0432
非ポリマー551
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area24060 Å2
手法PISA
2
C: RCD1 required for cell differentiation1 homolog
D: RCD1 required for cell differentiation1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0432
ポリマ－61,0432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area24020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.508, 68.963, 69.361
Angle α, β, γ (deg.)94.16, 117.26, 91.91
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Biological assembly appears to be a homodimer. 2 dimers are found per asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
RCD1 required for cell differentiation1 homolog


分子量: 30521.500 Da / 分子数: 4 / 断片: (Residues: 18 - 285) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Rcd1 / プラスミド: pET 32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus / 参照: GenBank: 4885579, UniProt: Q92600*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 100 mM MES pH5.7, 115 mM MnSO4, 17% PEG 3350, 1% glucose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9568, 0.9795, 0.9797, 0.9407
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月5日
放射モノクロメーター: Si (111) double-crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95681
20.97951
30.97971
40.94071
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 152086 / Num. obs: 53307 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rsym value: 0.033
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 89.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→27.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 550645.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 4247 8.2 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.279 152086 --
obs0.217 51688 91 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.2372 Å2 / ksol: 0.346933 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.84 Å22.64 Å23.44 Å2
2---2.67 Å23.38 Å2
3---4.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→27.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8549 0 1 661 9211
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.121.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.462.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 552 8.1 %
Rwork0.244 6288 -
obs--72.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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