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- PDB-2fuq: Crystal Structure of Heparinase II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fuq
タイトルCrystal Structure of Heparinase II
要素heparinase II protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / alpha plus beta
機能・相同性
機能・相同性情報


heparin lyase / heparin lyase activity / heparin-sulfate lyase / heparin-sulfate lyase activity / heparin catabolic process / heparin binding / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #2750 / Heparinase II, C-terminal / Heparinase II C-terminal domain / Heparinase II, N-terminal / Domain of unknown function (DUF4962) / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #70 / Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like protein / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase ...Immunoglobulin-like - #2750 / Heparinase II, C-terminal / Heparinase II C-terminal domain / Heparinase II, N-terminal / Domain of unknown function (DUF4962) / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #70 / Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like protein / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Distorted Sandwich / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / PHOSPHATE ION / : / Heparin and heparin-sulfate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Pedobacter heparinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Shaya, D. / Cygler, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Heparinase II from Pedobacter heparinus and Its Complex with a Disaccharide Product.
著者: Shaya, D. / Tocilj, A. / Li, Y. / Myette, J. / Venkataraman, G. / Sasisekharan, R. / Cygler, M.
履歴
登録2006年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32016年3月23日Group: Derived calculations / Non-polymer description
改定 2.02019年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / entity_poly ...chem_comp / entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: heparinase II protein
B: heparinase II protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,14511
ポリマ－169,4172
非ポリマー1,7289
水16,718928
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.046, 119.339, 200.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The bilogical assembly is a homodimer present in the asymetric unit

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 heparinase II protein


分子量: 84708.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pedobacter heparinus (バクテリア)
遺伝子: hep b / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 924923, UniProt: C6XZB6*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)]alpha- ...alpha-D-xylopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 634.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-4DGlcpAa1-2[LRhapa1-4]DManpa1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a1122h-1a_1-5][a2122A-1a_1-5][a212h-1a_1-5][a2211m-1a_1-5]/1-2-3-4/a2-b1_a4-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpA]{[(4+1)][b-L-4-deoxy-Arap]{}}[(4+1)][a-L-Rhap]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 935分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 928 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 17% PEG 3350, 0.2M sodium phosphate , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 112668 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 30.54
反射 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.226 / Mean I/σ(I) obs: 10.1 / Rsym value: 0.145 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→102.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 9.594 / SU ML: 0.138 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23456 4640 5.1 %RANDOM
Rwork0.19478 ---
obs0.19679 86490 98.73 %-
all-86490 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.634 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.75 Å20 Å20 Å2
2--5.56 Å20 Å2
3----3.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→102.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11956 0 103 928 12987
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02212386
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1341.96516757
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9351492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8523.916572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.532152086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7091568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.26031
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.28342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.21095
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1370.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3371.57665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.577211972
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9535491
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4264.54785
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 354 -
Rwork0.208 6290 -
obs--98.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2656-0.1601-0.79841.10870.26083.1471-0.0766-0.1917-0.01410.37340.06460.1701-0.2683-0.58870.012-0.02110.08390.0395-0.02230.0344-0.074226.05244.028989.5898
20.99570.03750.04870.81170.02412.6197-0.0226-0.07670.00320.06090.012-0.0941-0.10280.51550.0105-0.1757-0.0250.0035-0.13640.014-0.117355.299440.196369.67
30.8166-0.22010.33480.76390.10993.26520.0094-0.0047-0.1187-0.0097-0.0398-0.07640.42840.48290.0304-0.10170.05220.0129-0.17110.0082-0.068553.061728.300745.4032
41.36240.4416-0.91451.1857-0.53352.4947-0.09510.2369-0.0484-0.34820.0082-0.1132-0.0772-0.07960.0869-0.04710.010.0197-0.221-0.0243-0.097446.63943.578910.7639
51.3648-0.0058-0.00120.75130.15112.3477-0.01090.07750.0237-0.0904-0.06720.1063-0.1154-0.8250.0781-0.16760.0459-0.00470.0923-0.0725-0.110917.441840.30830.8242
61.29210.42530.63150.96860.05983.34670.0164-0.1101-0.18060.0206-0.08880.11520.3872-0.86660.0724-0.1155-0.1140.02190.0815-0.0282-0.052519.575128.468555.0968
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA26 - 3601 - 335
2X-RAY DIFFRACTION2AA361 - 675336 - 650
3X-RAY DIFFRACTION3AA676 - 772651 - 747
4X-RAY DIFFRACTION4BB26 - 3601 - 335
5X-RAY DIFFRACTION5BB361 - 675336 - 650
6X-RAY DIFFRACTION6BB676 - 772651 - 747

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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