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- PDB-2fuf: Crystal structure of the SV40 large T antigen origin-binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fuf
タイトルCrystal structure of the SV40 large T antigen origin-binding domain
要素Large T antigen
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Replication origin binding domain / dna replication
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA 3'-5' helicase / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / isomerase activity / helicase activity / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA 3'-5' helicase / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / isomerase activity / helicase activity / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA replication / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / Large T antigen, polyomaviridae / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding ...Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / Large T antigen, polyomaviridae / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Large T antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Simian virus 40 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Meinke, G. / Bullock, P.A. / Bohm, A.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the simian virus 40 large T-antigen origin-binding domain.
著者: Meinke, G. / Bullock, P.A. / Bohm, A.
履歴
登録2006年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large T antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6982
ポリマ－15,5081
非ポリマー1891
水3,063170
1
A: Large T antigen
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,18512
ポリマ－93,0516
非ポリマー1,1356
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_655x-y+1,x,z+5/61
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z+2/31
crystal symmetry operation4_775-x+2,-y+2,z+1/21
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z+1/31
crystal symmetry operation5_565y,-x+y+1,z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)83.669, 83.669, 35.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations:y,-x+y+1,z+1/6 and -x+y+1,-x+2,z+1/3 and -x+2,-y+2,z+1/2, and -y+2,x-y+1,z+2/3 and x-y+1,x,z+5/6

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要素

#1: タンパク質 Large T antigen


分子量: 15508.424 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA binding domain (residues 131-259) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Simian virus 40 (ウイルス) / 属: Polyomavirus / 遺伝子: SV40 A GENE / プラスミド: pGEX-1lT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P03070
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 1.6 M Sodium citrate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月7日 / 詳細: crystal
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 10.9 % / Av σ(I) over netI: 12.1 / 数: 275942 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 2.05 / D res high: 1.45 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 25306 / % possible obs: 98.7
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.1250265299.60.055.18110.9
2.483.12258199.70.0643.60410.6
2.172.48254599.50.0742.91211
1.972.172538990.0842.17911.1
1.831.97255099.20.1071.56911.2
1.721.83250598.90.1421.20211.2
1.631.72251698.60.1931.02411.2
1.561.63251398.30.260.92711.2
1.51.56249097.60.3430.83510.9
1.451.5241696.30.4410.799.7
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 25306 / Num. obs: 24796 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Χ2: 2.052 / Net I/σ(I): 53.6
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 2416 / Num. unique obs: 2416 / Rsym value: 0.441 / Χ2: 0.79 / % possible all: 96.3

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.5 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.55 / 反射: 5094
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se9.5440.5940.0290.0061.647
2Se23.8520.7010.8190.1462.43
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
8.86-300.48251
5.64-8.860.53430
4.42-5.640.53536
3.76-4.420.55628
3.32-3.760.56713
3.01-3.320.56783
2.77-3.010.57837
2.58-2.770.57916
Phasing dmFOM : 0.83 / FOM acentric: 0.85 / FOM centric: 0.62 / 反射: 5094 / Reflection acentric: 4596 / Reflection centric: 498
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.1-27.3870.880.920.7522416955
4.5-7.10.880.910.6969759998
3.6-4.50.90.920.785476490
3.1-3.60.860.880.6586478975
2.7-3.10.790.810.5115021386116
2.5-2.70.730.750.4895388964

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE2.08位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 1TBD

1tbd


解像度: 1.45→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.905 / SU ML: 0.037 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 1252 4.9 %RANDOM
Rwork0.169 ---
all0.17 25306 --
obs0.17 24796 98.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.648 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0.1 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1029 0 13 170 1212
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1411.9611558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg65144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.99923.26549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.11215205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.742155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.2820
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0960.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2120.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7161.5705
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19521127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7913489
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6714.5429
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 91 -
Rwork0.205 1707 -
obs-1798 96 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.636 Å / Origin y: 72.16 Å / Origin z: 0.801 Å
111213212223313233
T-0.051 Å20.0012 Å20.0011 Å2--0.0302 Å2-0.0087 Å2---0.0179 Å2
L1.281 °2-0.0872 °20.2714 °2-0.8212 °2-0.0407 °2--0.8451 °2
S0.0186 Å °0.0698 Å °-0.013 Å °-0.0091 Å °0.0421 Å °-0.008 Å °-0.0298 Å °-0.0374 Å °-0.0607 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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