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- PDB-2fub: Crystal structure of urate oxidase at 140 MPa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fub
タイトルCrystal structure of urate oxidase at 140 MPa
要素Uricase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TETRAMER / HIGH PRESSURE / HPMX
機能・相同性
機能・相同性情報


urate oxidase activity / purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-AZAXANTHINE / CYSTEINE / Uricase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus flavus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / RIGID BODY / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Colloc'h, N. / Girard, E. / Fourme, R.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2006
タイトル: High pressure macromolecular crystallography: The 140-MPa crystal structure at 2.3 A resolution of urate oxidase, a 135-kDa tetrameric assembly
著者: Colloc'h, N. / Girard, E. / Dhaussy, A.-C. / Kahn, R. / Ascone, I. / Mezouar, M. / Fourme, R.
履歴
登録2006年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年9月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_conn / struct_keywords / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_keywords.text / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月15日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn_type.id
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4323
ポリマ－34,1581
非ポリマー2742
水1,982110
1
A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,72712
ポリマ－136,6304
非ポリマー1,0978
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area24580 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area43370 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)79.18, 95.63, 104.65
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細Functionnal tetramer generated by the two fold axis 1-x , 1-y, z ; x, 1-y, 1-z ; 1-x, y, 1-z ;

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要素

#1: タンパク質 Uricase / Urate oxidase


分子量: 34157.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus flavus (カビ)
参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物 ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE / 8-アザキサンチン


分子量: 153.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3N5O2
#3: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.57 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 3350(6-10%), 50-100mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.331 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月24日 / 詳細: UNFOCUSED BEAM
放射モノクロメーター: SI (111) CHANNEL-CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→22.9 Å / Num. obs: 17696 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 30.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.29→2.42 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2476 / Rsym value: 0.255 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: RIGID BODY
開始モデル: PDB ENTRY 1R51

1r51


解像度: 2.3→22.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 6.029 / SU ML: 0.144 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21342 894 5.1 %RANDOM
Rwork0.16136 ---
obs0.16412 16712 97.85 %-
all-17696 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.108 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→22.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2359 0 15 110 2484
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0222444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0711.9323314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8345294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.37424.359117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.05515427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8631514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021839
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2991
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.21651
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2240.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4621.51516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.38822393
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.54331087
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5134.5921
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 64 -
Rwork0.209 1208 -
obs--98.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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