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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fua | ||||||
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タイトル | L-FUCULOSE 1-PHOSPHATE ALDOLASE CRYSTAL FORM T WITH COBALT | ||||||
![]() | L-FUCULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE | ||||||
![]() | LYASE (ALDEHYDE) / CLASS II ALDOLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-fuculose-phosphate aldolase / L-fuculose-phosphate aldolase activity / D-arabinose catabolic process / L-fucose catabolic process / pentose catabolic process / aldehyde-lyase activity / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Dreyer, M.K. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Refined high-resolution structure of the metal-ion dependent L-fuculose-1-phosphate aldolase (class II) from Escherichia coli. 著者: Dreyer, M.K. / Schulz, G.E. #1: ![]() タイトル: Catalytic Mechanism of the Metal-Dependent Fuculose Aldolase from Escherichia Coli as Derived from the Structure 著者: Dreyer, M.K. / Schulz, G.E. #2: ![]() タイトル: The Spatial Structure of the Class II L-Fuculose-1-Phosphate Aldolase from Escherichia Coli 著者: Dreyer, M.K. / Schulz, G.E. #3: ![]() タイトル: Diastereoselective Enzymatic Aldol Additions: L-Rhamnulose and L-Fuculose 1-Phosphate Aldolases from E.Coli 著者: Fessner, W.-D. / Sinerius, G. / Schneider, A. / Dreyer, M. / Schulz, G.E. / Badia, J. / Aguilar, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23805.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: COBALT IN THIS STRUCTURE REPLACES THE NATURALLY OCCURRING ZINC ION 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CO / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-BME / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 15207 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / % possible obs: 89 % |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.04 Å / % possible obs: 80 % / Rmerge(I) obs: 0.159 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→10 Å / σ(F): 0 詳細: LOOP 23 - 27, WHICH IS NEAR THE ACTIVE SITE AND PARTICIPATES IN THE SUBUNIT INTERFACE, IS MOBILE, HAS ONLY POOR DENSITY AND THE COORDINATES ARE NOT RELIABLE. IN COMPARISON WITH THE ZINC- ...詳細: LOOP 23 - 27, WHICH IS NEAR THE ACTIVE SITE AND PARTICIPATES IN THE SUBUNIT INTERFACE, IS MOBILE, HAS ONLY POOR DENSITY AND THE COORDINATES ARE NOT RELIABLE. IN COMPARISON WITH THE ZINC-CONTAINING STRUCTURE, ADDITIONAL DENSITY APPEARED FOR RESIDUES 207 - 210; STILL, THE FIVE C-TERMINAL RESIDUES 211 - 215 CANNOT BE LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY MAP. THE OCCUPANCY OF SULFATE ION 301 WAS REFINED TO 0.74.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å / Luzzati sigma a obs: 0.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |