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- PDB-2ftq: E. coli thymidylate synthase at 1.8 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ftq
タイトルE. coli thymidylate synthase at 1.8 A resolution
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / isomorphous / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Montfort, W.R. / Roberts, S.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Subtle Conformational Differences between Escherichia coli Thymidylate Synthase and Specific Mutants of this Enzyme
著者: Montfort, W.R. / Roberts, S.A.
履歴
登録2006年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2318
ポリマ－30,5601
非ポリマー6717
水3,603200
1
A: Thymidylate synthase
ヘテロ分子

A: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,46216
ポリマ－61,1192
非ポリマー1,34314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_555-x,-y+1/2,z1
Buried area6760 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area21430 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)131.234, 131.234, 131.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
詳細The biological assembly is a dimer. There is one monomer in the asymetric unit. To generate the second monomer of the dimer, apply the symmetry operation -x,1/2-y,z

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate synthase / TS / TSase


分子量: 30559.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: thyA / プラスミド: BLUSCRIPT SK+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Xac25 Thy / 参照: UniProt: P0A884, thymidylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 20 mM KH2PO4, 4 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→21.87 Å / Num. all: 34259 / Num. obs: 34259 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.81→1.87 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3420 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: isomorphous / 解像度: 1.81→21.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.073 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, TLS REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22556 1728 5 %RANDOM
Rwork0.20194 ---
obs0.20316 32531 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.978 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→21.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2153 0 35 200 2388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222357
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6531.9553220
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06333902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8355291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77723.636121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.07815399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4911518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02499
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2451
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2080.21623
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.21060
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21173
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2166
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2530.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0141.51811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2951.5551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24822239
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.26831146
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0684.5968
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.857 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.445 138 -
Rwork0.384 2421 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26980.34710.05711.0704-0.37530.9317-0.01630.1318-0.1648-0.1517-0.0204-0.14190.0750.1860.0367-0.1114-0.02160.0135-0.0559-0.0189-0.123614.94129.77153.931
23.8517-0.0021.12359.00178.240611.21960.1450.13440.3081-0.1804-0.06980.0789-0.1915-0.0791-0.0752-0.0807-0.06450.0209-0.06560.0602-0.08737.00250.46552.571
32.57191.3897-1.11321.8684-0.82891.25890.1134-0.1938-0.00870.1912-0.0805-0.1181-0.11740.1708-0.0329-0.1243-0.0279-0.0275-0.07490.0228-0.102916.70331.89672.524
41.991.29240.8862.61611.28242.53220.012-0.13590.05160.0487-0.0652-0.0031-0.0704-0.08880.0531-0.1403-0.012-0.0043-0.10720.0105-0.15233.91731.96769.176
517.8342-7.3306-13.636122.463223.958827.74550.52350.24850.5121-0.1235-0.61490.3319-0.4621-0.78110.0914-0.0365-0.04660.0196-0.05560.0178-0.102420.25552.35360.188
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 91 - 9
2X-RAY DIFFRACTION1AA25 - 5025 - 50
3X-RAY DIFFRACTION1AA118 - 122118 - 122
4X-RAY DIFFRACTION1AA150 - 260150 - 260
5X-RAY DIFFRACTION2AA10 - 2410 - 24
6X-RAY DIFFRACTION3AA51 - 11751 - 117
7X-RAY DIFFRACTION4AA123 - 149123 - 149
8X-RAY DIFFRACTION5AA261 - 264261 - 264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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