PDB-2fsw: Crystal Structure of the Putative Transcriptional Regualator, Mar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fsw

タイトル

Crystal Structure of the Putative Transcriptional Regualator, MarR family from Porphyromonas gingivalis W83

要素

PG_0823 protein

キーワード

TRANSCRIPTION / alpha-beta structure / helix-turn-helix / winged-helix-turn-heix / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

Helix-turn-helix, HxlR type / HxlR-like helix-turn-helix / HxlR-type HTH domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Kim, Y. / Quartey, P. / Buelt, J. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Transcriptional Regualator, MarR family from Porphyromonas gingivalis W83
著者: Kim, Y. / Quartey, P. / Buelt, J. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fsw.cif.gz	57.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fsw.ent.gz	46.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fsw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fsw_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fsw_full_validation.pdf.gz	444.7 KB	表示
XML形式データ	2fsw_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	2fsw_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/2fsw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/2fsw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4a5m-1 2hzt-1 5hyb-1 3aeh-1 1ub9-1 5nyf-d 4lhn-d 4a5m-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC80877

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PG_0823 protein

B: PG_0823 protein

25.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.971, 82.241, 116.601
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PG_0823 protein 分子量: 12570.358 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 株: W83 / 遺伝子: PG_0823 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q7M7B7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

PG_0823 protein

分子量: 12570.358 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
株: W83 / 遺伝子: PG_0823 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q7M7B7

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.12 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 1.4M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97948 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator, Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→38.78 Å / Num. all: 18680 / Num. obs: 18091 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 4.76 / Num. unique all: 1334 / % possible all: 69.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0000	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.16→38.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 9.256 / SU ML: 0.13 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25004	1851	10.3 %	RANDOM
R_work	0.20317	-	-	-
all	0.2078	16189	-	-
obs	0.2078	16189	92.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.765 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→38.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1669	0	0	165	1834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.289	2.016	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.007	5	231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.255	23.158	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.877	15	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.675	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	945
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.221	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.228	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.696	1.5	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.015	2	1827
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.529	3	788
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.428	4.5	667
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.16→2.211 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.3	116
R_work	0.256	822
obs	-	822

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.189	-0.83	0.6156	0.8074	1.7277	6.6806	0.1141	-0.3878	-0.4513	0.2297	0.0722	-0.053	1.1043	0.1809	-0.1863	-0.0053	0.0227	-0.0223	-0.1002	0.0552	-0.0281	8.1494	50.3266	118.6369
2	3.0947	-0.386	1.0699	1.6573	3.0018	7.4618	0.3833	0.5785	-0.2924	-0.0461	-0.5008	0.0023	0.6738	-0.2398	0.1175	-0.0474	0.0605	0.0035	-0.0437	-0.1018	-0.1281	1.5319	47.8153	98.2635

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 104	6 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 104	5 - 107

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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