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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fsd | ||||||
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タイトル | A Common Fold for the Receptor Binding Domains of Lactococcal Phages? The Crystal Structure of the Head Domain of Phage bIL170 | ||||||
要素 | putative baseplate protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Phage / Lactococcus lactis / receptor binding protein / head domain | ||||||
機能・相同性 | Phage bIL170 RBP, head domain / Phage bIL170 RBP, head domain / Receptor-binding protein of phage tail base-plate Siphoviridae, head / Lactophage receptor-binding protein C-terminal head domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Putative baseplate protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | unidentified phage (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Ricagno, S. / Cambillau, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2006 タイトル: Crystal Structure of the Receptor-Binding Protein Head Domain from Lactococcus lactis Phage bIL170 著者: Ricagno, S. / Campanacci, V. / Blangy, S. / Spinelli, S. / Tremblay, D. / Moineau, S. / Tegoni, M. / Cambillau, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fsd.cif.gz | 54.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fsd.ent.gz | 38.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fsd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2fsd_validation.pdf.gz | 437.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2fsd_full_validation.pdf.gz | 438.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2fsd_validation.xml.gz | 10.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2fsd_validation.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/2fsd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/2fsd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a trimer. The crystal assymmetric unit contains a dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15284.188 Da / 分子数: 2 / 断片: RBP head domain, Residues 1-113 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified phage (ファージ) / 株: bIL170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O80120 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.65 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: nanodrop setting (300 nL), pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→32.7 Å / Num. all: 12327 / Num. obs: 12327 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→23.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 7.333 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.229 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→23.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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