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- PDB-2frx: Crystal structure of YebU, a m5C RNA methyltransferase from E.coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2frx
タイトルCrystal structure of YebU, a m5C RNA methyltransferase from E.coli
要素Hypothetical protein yebU
キーワードTRANSFERASE / Rossmann-type S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase domain / C-terminal PUA (pseudouridine synthases and archaeosine-specific transglycosylases) domain
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (cytosine1407-C5)-methyltransferase / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #720 / rRNA small subunit methyltransferase F / : / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F, pre-PUA domain / rRNA small subunit methyltransferase F, RNA-binding PUA-like domain / RNA-binding PUA-like domain of methyltransferase RsmF / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F, N-terminal / N-terminal domain of 16S rRNA methyltransferase RsmF / Nop2p / Bacterial Fmu (Sun)/eukaryotic nucleolar NOL1/Nop2p, conserved site ...Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #720 / rRNA small subunit methyltransferase F / : / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F, pre-PUA domain / rRNA small subunit methyltransferase F, RNA-binding PUA-like domain / RNA-binding PUA-like domain of methyltransferase RsmF / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F, N-terminal / N-terminal domain of 16S rRNA methyltransferase RsmF / Nop2p / Bacterial Fmu (Sun)/eukaryotic nucleolar NOL1/Nop2p, conserved site / NOL1/NOP2/sun family signature. / SAM-dependent methyltransferase RsmB/NOP2-type / RNA (C5-cytosine) methyltransferase / : / 16S rRNA methyltransferase RsmB/F / SAM-dependent MTase RsmB/NOP-type domain profile. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Erlandsen, H. / Nordlund, P. / Hallberg, B.M. / Johnson, K.A. / Ericsson, U.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The structure of the RNA m5C methyltransferase YebU from Escherichia coli reveals a C-terminal RNA-recruiting PUA domain
著者: Hallberg, B.M. / Ericsson, U.B. / Johnson, K.A. / Andersen, N.M. / Douthwaite, S. / Nordlund, P. / Beuscher IV, A.E. / Erlandsen, H.
履歴
登録2006年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年5月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein yebU
B: Hypothetical protein yebU
C: Hypothetical protein yebU
D: Hypothetical protein yebU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,6344
ポリマ－214,6344
非ポリマー00
水00
1
A: Hypothetical protein yebU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6581
ポリマ－53,6581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein yebU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6581
ポリマ－53,6581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Hypothetical protein yebU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6581
ポリマ－53,6581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Hypothetical protein yebU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6581
ポリマ－53,6581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.706, 87.126, 95.048
Angle α, β, γ (deg.)88.33, 76.79, 90.19
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21A
31B
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 8 - 474 / Label seq-ID: 8 - 474

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1CC
2AA
3BB
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein yebU / RNA m5C methyltransferase


分子量: 53658.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YebU / プラスミド: PT73.3HisGW / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76273
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 15%(w/v) PEG 8000, 50mM mono-potassium dihydrogen phosphate, 10mM BaCl2 or 15% PEG 5000 MME, sodium acetate pH 4.6, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.962 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月19日
詳細: Mirror followed by asymmetrically cut Si-111 monochromator
放射モノクロメーター: Mirror followed by asymmetrically cut Si-111 monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.962 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 46876 / Num. obs: 45870 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.22 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 9.13
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique all: 4493 / Rsym value: 0.551 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0003精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→29.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 49.191 / SU ML: 0.415 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.48 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 2314 5.1 %RANDOM
Rwork0.231 ---
all0.234 46791 --
obs0.234 45743 97.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.522 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.01 Å20.04 Å2
2--0.03 Å2-0.05 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14266 0 0 0 14266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.02214636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7581.93619901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.61351806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.80723.709693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.484152319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.28115111
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.22150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211375
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2640.27353
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.29870
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2640.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5321.59264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.798214587
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.66136107
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5244.55314
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1C1812TIGHT POSITIONAL0.060.05
2A1812TIGHT POSITIONAL0.060.05
3B1812TIGHT POSITIONAL0.060.05
4D1812TIGHT POSITIONAL0.060.05
1C1739LOOSE POSITIONAL0.825
2A1739LOOSE POSITIONAL0.785
3B1739LOOSE POSITIONAL0.765
4D1739LOOSE POSITIONAL0.745
1C1812TIGHT THERMAL0.10.5
2A1812TIGHT THERMAL0.090.5
3B1812TIGHT THERMAL0.110.5
4D1812TIGHT THERMAL0.090.5
1C1739LOOSE THERMAL1.5910
2A1739LOOSE THERMAL1.6510
3B1739LOOSE THERMAL1.8510
4D1739LOOSE THERMAL1.4910
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 159 -
Rwork0.298 3188 -
obs-3347 97.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9944-1.8184-1.1412.67870.51262.11260.27430.35780.0257-0.706-0.3099-0.41230.2088-0.04690.03550.0680.26450.057-0.1847-0.0215-0.14331.7278.68376.622
23.84420.5456-0.65222.4195-0.84332.04090.010.4839-0.0915-0.3075-0.0677-0.10970.42150.12290.0576-0.37150.109-0.0283-0.2458-0.0694-0.32735.30754.60667.011
34.3852-0.6592-0.79892.52120.79252.17030.0763-0.5283-0.25690.4517-0.17260.30570.4979-0.15360.0963-0.2472-0.12910.0082-0.22350.0494-0.2559-10.0357.89825.644
42.87951.7689-1.32053.0957-0.55482.58280.2214-0.26890.16140.8064-0.23310.51280.2775-0.01910.01170.1892-0.23960.1058-0.1886-0.0169-0.174531.20549.26715.974
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 8 - 474 / Label seq-ID: 8 - 474

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB
33CC
44DD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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