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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2frx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of YebU, a m5C RNA methyltransferase from E.coli | ||||||
要素 | Hypothetical protein yebU | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Rossmann-type S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase domain / C-terminal PUA (pseudouridine synthases and archaeosine-specific transglycosylases) domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 16S rRNA (cytosine1407-C5)-methyltransferase / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / RNA methylation / rRNA base methylation / RNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Erlandsen, H. / Nordlund, P. / Hallberg, B.M. / Johnson, K.A. / Ericsson, U.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: The structure of the RNA m5C methyltransferase YebU from Escherichia coli reveals a C-terminal RNA-recruiting PUA domain 著者: Hallberg, B.M. / Ericsson, U.B. / Johnson, K.A. / Andersen, N.M. / Douthwaite, S. / Nordlund, P. / Beuscher IV, A.E. / Erlandsen, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2frx.cif.gz | 343.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2frx.ent.gz | 292.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2frx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2frx_validation.pdf.gz | 469.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2frx_full_validation.pdf.gz | 552.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2frx_validation.xml.gz | 68.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2frx_validation.cif.gz | 92.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/2frx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/2frx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: PHE / End label comp-ID: LEU / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 8 - 474 / Label seq-ID: 8 - 474
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53658.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YebU / プラスミド: PT73.3HisGW / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76273 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 15%(w/v) PEG 8000, 50mM mono-potassium dihydrogen phosphate, 10mM BaCl2 or 15% PEG 5000 MME, sodium acetate pH 4.6, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.962 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月19日 詳細: Mirror followed by asymmetrically cut Si-111 monochromator |
放射 | モノクロメーター: Mirror followed by asymmetrically cut Si-111 monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.962 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 46876 / Num. obs: 45870 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.22 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 9.13 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique all: 4493 / Rsym value: 0.551 / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→29.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 49.191 / SU ML: 0.415 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.48 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 65.522 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.03 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 8 - 474 / Label seq-ID: 8 - 474
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