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- PDB-2fqg: Crystal Structures of E. coli Laccase CueO under different copper... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fqg
タイトルCrystal Structures of E. coli Laccase CueO under different copper binding situations
要素Blue copper oxidase cueO
キーワードOXIDOREDUCTASE / azurin-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on metal ions, oxygen as acceptor / cuproxidase / oxidoreductase activity, acting on metal ions / detoxification of copper ion / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / response to copper ion / ferroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins ...Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CU-O-CU LINKAGE / CITRIC ACID / COPPER (II) ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Multicopper oxidase CueO
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Li, X. / Wei, Z. / Zhang, M. / Teng, M. / Gong, W.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of E. coli laccase CueO at different copper concentrations.
著者: Li, X. / Wei, Z. / Zhang, M. / Peng, X. / Yu, G. / Teng, M. / Gong, W.
履歴
登録2006年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blue copper oxidase cueO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1428
ポリマ－53,4831
非ポリマー6587
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.114, 73.036, 189.437
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Blue copper oxidase cueO / Laccase CueO / Copper efflux oxidase


分子量: 53483.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36649, 酸化還元酵素

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非ポリマー , 6種, 243分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-C2O / CU-O-CU LINKAGE / 酸化銅(I)


分子量: 143.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2O
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 17% polyethylene glycol 4000, 6% Isopropanol, 100mM tri-Sodium Citrate dihydrate pH 5.6, 10mM CuCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20806 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2
2.3-2.389240.46319561.022
2.38-2.4891.63.90.40819581.051
2.48-2.5991.93.90.33719711.017
2.59-2.7393.33.80.26320281.027
2.73-2.994.13.70.21320451.075
2.9-3.1296.23.70.14120911.131
3.12-3.4496.23.70.09820861.058
3.44-3.9398.43.60.06421721.062
3.93-4.9599.43.80.04122131.07
4.95-5098.14.10.03922861.023

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 6.793 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1069 5.2 %RANDOM
Rwork0.157 ---
all0.161 ---
obs-20686 95.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.934 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å20 Å2
2---1.87 Å20 Å2
3---2.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3542 0 30 236 3808
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.111.9684965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6915462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.84324.437151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.5815588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6511517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022781
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.22403
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1280.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.65422307
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.77933709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.31631394
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.69541256
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 78 -
Rwork0.189 1342 -
obs-1420 91.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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