PDB-2fqc: Solution structure of conotoxin pl14a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fqc

タイトル

Solution structure of conotoxin pl14a

要素

Alpha/kappa-conotoxin pl14a

キーワード

TOXIN / ALPHA-HELIX / DISULFIDE BONDS

機能・相同性

host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Alpha/kappa-conotoxin pl14a

機能・相同性情報

生物種

Conus planorbis (ヒラマキイモ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Craik, D.J. / Daly, N.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: A Novel Conotoxin Inhibitor of Kv1.6 Channel and nAChR Subtypes Defines a New Superfamily of Conotoxins
著者: Imperial, J.S. / Bansal, P.S. / Alewood, P.F. / Daly, N.L. / Craik, D.J. / Sporning, A. / Terlau, H. / Lopez-Vera, E. / Bandyopadhyay, P.K. / Olivera, B.M.

履歴

登録	2006年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年6月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._entity.pdbx_description / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fqc.cif.gz	160.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fqc.ent.gz	132.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fqc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/2fqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/2fqc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2juy-d 1za8-d 2mso-d 1mhu-d 5x38-d 5x36-d 2m3j-d 1hhz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha/kappa-conotoxin pl14a

2.92 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Alpha/kappa-conotoxin pl14a / Conotoxin pl14a 分子量: 2921.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: Chemically synthesized. This sequence occurs naturally in Conus planorbis 由来: (合成) Conus planorbis (ヒラマキイモ) / 参照: UniProt: Q0N4U8
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	1	E-COSY

-
試料調製

詳細	内容: 1mM pl14a, pH 3; 95% H2O, 5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	pH: 3 / 圧: ambient / 温度: 290 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
XEASY	1.3.7	Eccles et al	データ解析
DYANA	1.5	Guntert et al	構造決定
CNS	1.1	Brunger et al	構造決定
CNS	1.1	Brunger et al	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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