PDB-2fpn: The crystal structure of the ywmB protein from Bacillus subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fpn

タイトル

The crystal structure of the ywmB protein from Bacillus subtilis

要素

ywmB

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ywmB / Bacillus subtilis / structural genomocs / domain swapping / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

YwmB-like / YwmB-like / TATA-box binding / YwmB-like superfamily / TATA-box binding / TBP-like / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Zhang, R. / Wu, R. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the ywmB protein from Bacillus subtilis
著者: Zhang, R. / Wu, R. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fpn.cif.gz	52.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fpn.ent.gz	41.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fpn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fpn_validation.pdf.gz	424 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fpn_full_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示
XML形式データ	2fpn_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	2fpn_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/2fpn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/2fpn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3agl-d 1uea-d 4nck-d 5v3t-2 2thi-d 3eqf-2 1g0v-2 5eym-d 2jc6-d 2x65-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC1972

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ywmB

25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ywmB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.790, 50.856, 81.259
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.49, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

This protein existed as dimer, the second part of the biological assembly is generated by the operation: 1-x,y,1-z

#1: タンパク質	ywmB 分子量: 25685.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: ywmB / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 2636202, UniProt: O32277*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.33 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% PEG4000, 45% tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月16日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si channel 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→81 Å / Num. all: 12266 / Num. obs: 11820 / % possible obs: 96.36 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 34
反射シェル	解像度: 2.49→2.55 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / % possible all: 74.46

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.49→80.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 19.923 / SU ML: 0.237 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.378 / ESU R Free: 0.278
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28134	610	4.9 %	RANDOM
R_work	0.24242	-	-	-
obs	0.24446	11820	96.36 %	-
all	-	12266	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.03 Å²	0 Å²	1.3 Å²
2-	-	-0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.17 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.042 Å	0.034 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.32 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.49→80.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1700	0	0	53	1753

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.386	1.942	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.26	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.887	25.227	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.617	15	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.326	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	742
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.248	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.11	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.703	1.5	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.223	2	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.482	3	775
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.572	4.5	672
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.486→2.551 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	28	-
R_work	0.297	692	-
obs	-	-	74.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 46.372 Å / Origin y: 10.369 Å / Origin z: 22.351 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1682 Å²	0.006 Å²	0.0481 Å²	-	0.478 Å²	0.0029 Å²	-	-	0.2382 Å²
L	0.9749 °²	0.8289 °²	-1.6647 °²	-	1.0967 °²	-0.7887 °²	-	-	3.8455 °²
S	0.0344 Å °	-0.2001 Å °	0.0936 Å °	0.1007 Å °	-0.1452 Å °	-0.148 Å °	-0.0223 Å °	-0.2293 Å °	0.1108 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 50	1 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	51 - 100	51 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	101 - 152	101 - 152
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	155 - 214	155 - 214

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