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万見
- PDB-2fn5: NMR Structure of the Neurabin PDZ domain (502-594) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fn5
タイトルNMR Structure of the Neurabin PDZ domain (502-594)
要素Neurabin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / PDZ / Neurabin
機能・相同性
機能・相同性情報


growth cone lamellipodium / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / regulation of synapse structural plasticity / positive regulation of long-term synaptic depression / cellular response to toxic substance / postsynaptic actin cytoskeleton organization / postsynaptic actin cytoskeleton / protein phosphatase 1 binding / regulation of filopodium assembly / regulation of actin filament polymerization ...growth cone lamellipodium / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / regulation of synapse structural plasticity / positive regulation of long-term synaptic depression / cellular response to toxic substance / postsynaptic actin cytoskeleton organization / postsynaptic actin cytoskeleton / protein phosphatase 1 binding / regulation of filopodium assembly / regulation of actin filament polymerization / regulation of dendritic spine morphogenesis / negative regulation of stress fiber assembly / regulation of synapse assembly / cortical actin cytoskeleton / positive regulation of dendritic spine development / dendritic spine neck / negative regulation of long-term synaptic potentiation / neuron development / excitatory postsynaptic potential / filopodium / calcium-mediated signaling / actin filament organization / modulation of chemical synaptic transmission / neuromuscular junction / positive regulation of neuron projection development / neuron projection development / actin filament binding / actin cytoskeleton / GTPase binding / lamellipodium / growth cone / transmembrane transporter binding / dendritic spine / postsynaptic density / cytoskeleton / protein domain specific binding / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / protein-containing complex binding / protein kinase binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Neurabin-1/2, PDZ domain / Neurabin-like family / PDZ domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily ...Neurabin-1/2, PDZ domain / Neurabin-like family / PDZ domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Dancheck, B. / Peti, W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural basis for spinophilin-neurabin receptor interaction.
著者: Kelker, M.S. / Dancheck, B. / Ju, T. / Kessler, R.P. / Hudak, J. / Nairn, A.C. / Peti, W.
履歴
登録2006年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurabin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9481
ポリマ－9,9481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Neurabin-1 / Neurabin-I / Neural tissue-specific F-actin binding protein I / Protein phosphatase 1 regulatory ...Neurabin-I / Neural tissue-specific F-actin binding protein I / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 9A / p180 / PP1bp175


分子量: 9948.273 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ppp1r9a / プラスミド: RP1B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞株 (発現宿主): IRL / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O35867

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1312D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13.5 mM Neurabin PDZ 502-594 U-15N,13C, 20 mM Naphosphate buffer pH 6.5, 50 mM NaCl, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
23.5 mM Neurabin PDZ 502-594 U-15N, 20 mM Naphosphate buffer pH 6.5, 50 mM NaCl, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3Brukercollection
TopSpin1.3Bruker解析
CARA1.3www.nmr.chデータ解析
ATNOS/CANDID1Torsten Herrmann構造決定
CYANA2Peter Guentert構造決定
CNS1.2Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: water shell using RECOORD skripts
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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