PDB-2fmy: CO-dependent transcription factor CooA from Carboxydothermus hydr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fmy

タイトル

CO-dependent transcription factor CooA from Carboxydothermus hydrogenoformans (Imidazole-bound form)

要素

carbon monoxide oxidation system transcription regulator CooA-1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA transcription regulator

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Higuchi, Y. / Komori, H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of CO-sensing Transcription Activator CooA Bound to Exogenous Ligand Imidazole
著者: Komori, H. / Inagaki, S. / Yoshioka, S. / Aono, S. / Higuchi, Y.

履歴

登録	2006年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fmy.cif.gz	193.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fmy.ent.gz	152.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fmy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fmy_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fmy_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	2fmy_validation.xml.gz	35.8 KB	表示
CIF形式データ	2fmy_validation.cif.gz	48.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/2fmy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/2fmy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5fle-d 3b51-d 1su7-d 4k00-1 1z54-d 5gxg-d 3lb8-1 4udx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (9) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (5) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (5) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (9)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (5)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (5)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: carbon monoxide oxidation system transcription regulator CooA-1

B: carbon monoxide oxidation system transcription regulator CooA-1

C: carbon monoxide oxidation system transcription regulator CooA-1

D: carbon monoxide oxidation system transcription regulator CooA-1

ヘテロ分子

103 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: carbon monoxide oxidation system transcription regulator CooA-1

B: carbon monoxide oxidation system transcription regulator CooA-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: carbon monoxide oxidation system transcription regulator CooA-1

D: carbon monoxide oxidation system transcription regulator CooA-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.654, 93.930, 91.901
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.73, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	carbon monoxide oxidation system transcription regulator CooA-1 / CooA 分子量: 25091.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア) プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 77996136, UniProt: Q3AB29*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
結晶化	温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 100mM Bis-Tris buffer, 30% polyethyleneglycol 3000, 5% Dioxane, 4.5% Glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 280K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→32.365 Å / Num. all: 51329 / Num. obs: 51245 / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→32.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 11.805 / SU ML: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24732	2563	5 %	RANDOM
R_work	0.2072	-	-	-
obs	0.2092	48681	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.895 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.96 Å²	0 Å²	1.89 Å²
2-	-	-1.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.53 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.37 Å	0.3 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.38 Å	0.31 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7000	0	192	254	7446

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	7314
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.149	2.064	9904
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.126	5	868
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.003	24.375	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.907	15	1392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.449	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5312
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	3073
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	5025
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.162	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.145	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.454	1.5	4505
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.746	2	7020
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.113	3	3168
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.773	4.5	2876
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	189	-
R_work	0.227	3470	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2045	-1.8946	0.8387	2.4	-1.2221	1.9696	-0.1209	-0.2311	0.0505	0.2614	0.1072	0.0228	-0.0723	-0.1303	0.0137	-0.1505	-0.0191	0.027	-0.1744	0.0132	-0.158	4.1551	37.183	53.0671
2	4.9672	1.0221	-2.2173	5.3693	-2.4246	4.0705	0.0252	0.1332	0.5608	0.0147	0.0485	-0.0665	-0.191	-0.0466	-0.0737	-0.2066	0.0204	-0.0172	-0.148	0.0007	-0.0744	-27.6969	40.7296	46.365
3	2.9121	-0.7601	-0.4882	3.3297	1.6746	3.8576	0.081	0.5886	-0.3749	-0.2041	-0.048	-0.0879	0.4459	0.1901	-0.033	-0.0618	-0.0149	-0.0276	0.0352	-0.0041	-0.1127	-1.4986	32.1386	30.9142
4	7.0123	1.5564	-1.2603	6.0568	-0.5751	2.2742	-0.1649	0.4595	-0.6367	-0.6079	0.2107	0.2108	0.2281	-0.1407	-0.0458	-0.0789	-0.0195	-0.0493	-0.1551	-0.0151	-0.1111	5.7773	62.3031	33.7001
5	6.2574	-3.188	1.6115	2.5959	-1.4688	1.7888	-0.3084	-0.7897	-0.5529	0.3195	0.4285	0.2707	-0.0273	-0.2386	-0.1201	-0.1296	0.0125	0.0481	-0.0502	0.115	-0.0392	-7.257	32.8879	96.3359
6	6.3793	1.2721	-2.656	5.5524	-2.6318	4.9548	-0.073	0.1829	0.5007	-0.0099	0.1325	0.1025	-0.2086	-0.1679	-0.0594	-0.1776	0.0115	-0.0717	-0.1556	0.0103	-0.1544	-38.9593	35.9338	89.6472
7	3.2694	-1.2327	-0.1101	5.2264	1.8851	3.1044	0.0656	0.5611	-0.7244	-0.3273	0.0875	-0.1582	0.3756	0.0706	-0.1531	-0.0122	-0.0742	0.0103	0.0007	-0.0747	0.0807	-12.7149	26.5279	74.6281
8	5.4352	0.458	-0.7512	8.8684	0.7861	2.9527	-0.2826	0.4989	-0.5185	-0.6628	0.2739	-0.0826	0.1109	-0.1033	0.0087	-0.0847	-0.076	0.0107	-0.1361	-0.0595	-0.1132	-6.2023	58.3916	77.0165

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 137	1 - 136
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	138 - 219	137 - 218
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1002 - 1137	1 - 136
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	1138 - 1219	137 - 218
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	2002 - 2137	1 - 136
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	2138 - 2219	137 - 218
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	3002 - 3137	1 - 136
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	3138 - 3219	137 - 218

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	3	hem.param	hem.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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